疼痛是肛裂的主要癥狀。多數(shù)病人排便時即感疼痛，排便后有一短暫疼痛減輕的間隙期，隨后，出現(xiàn)持續(xù)且加劇的疼痛。疼痛的時間長短因肛裂的程度不同而不同，可長達數(shù)小時至整日。

其劇烈疼痛的主要原因是由于排糞時肛裂裂口內神經末梢受到刺激，立刻引起肛門內燒痛和刀割樣疼痛，從而使得肛門內括約肌痙攣收縮，導致持續(xù)性疼痛。醫(yī)學|教育網搜集然后，隨著時間的推移，括約肌漸漸疲乏松弛，疼痛隨之減輕，并逐漸消失。這在肛裂疼痛癥狀中，稱之謂“疼痛的一個周期”。

另外，不僅排糞可引起肛裂的劇痛，咳嗽、噴嚏，以及排尿等都可引起這種疼痛周期。