DNA克隆(DNA cloning) ：就是應用酶學的方法，在體外把目的基因與載體DNA結合成具有自我復制能力的DNA分子一一復制子(replicon)，繼而通過轉化或轉染宿主細胞、篩選出含有目的基因的轉化子細胞，再進行擴增、提取獲得大量同一DNA分子，即DNA克隆。由于早期研究是從較大的染色體分離、擴增特異性基因，因此DNA克隆又稱基因克隆(gene cloning )。

　　基因組DNA文庫：分離組織或細胞染色體DNA，利用限制性內切核酸酶將染色體DNA切割成基因水平的許多片段，其中即含有我們感興趣的基因片段。將它們與適當的克隆載體拼接成重組DNA分子，繼而轉入受體菌擴增，使每個細菌內都攜帶一種重組DNA分子的多個拷貝。不同細菌所包含的重組DNA分子內可能存在不同的染色體DNA片段，這樣生長的全部細菌所攜帶的各種染色體片段就代表了整個基因組。存在于轉化細菌內、由克隆載體所攜帶的所有基因組DNA的集合稱基因組DNA文庫(genome DNA library)。

　　cDNA文庫：以mRNA為模板，利用反轉錄酶合成與mRNA互補的DNA (cDNA )，再復制成雙鏈cDNA片段，與適當載體連接后轉入受體菌，即獲得cDNA文庫(cDNA library)。與基因組DNA文庫類似，由總mRNA制作的cDNA文庫包含了細胞表達的各種mRNA信息，自然也含有我們感興趣的編碼cDNA。當前發(fā)現的大多數蛋白質的編碼基因幾乎都是這樣分離的。

　　限制性內切核酸酶(restriction endonuclease)： 是能夠識別DNA的特異序列，并在識別位點或其周圍切割雙鏈DNA的一類內切酶。限制性內切核酸酶識別DNA的結構順序為回文結構。限制性內切核酸酶存在于細菌體內，限制外源DNA、保護自身DNA，對細菌遺傳性狀的穩(wěn)定遺傳具有重要意義。

　　α互補(alpha complementation)：經改造的M13載體有M13mp系列及pUC系列。它們是在M13基因間隔區(qū)插入E.coli的一段調節(jié)基因及l(fā)acZ的N端146個氨基酸殘基編碼基因，其編碼產物即為β半乳糖苷酶的α片段。突變型lac-E.coli可表達該酶的ω片段(酶的C端)。單獨存在的α及ω片段均無β半乳糖苷酶活性，只有宿主細胞與克隆載體同時共表達兩個片段時，宿主細胞內才有β半乳糖苷酶活性，使特異性作用物變?yōu)樗{色化合物，這就是所謂的α互補(alpha complementation)。由M13改造的載體含不同位置的克隆位點，可接受不同限制性內切酶的酶切片段。如果插人的外源基因是在lacZ基因內，則會干擾lacZ的表達，利用lac- E.coli轉染或感染細胞，在含X-gal的培養(yǎng)基上生長時會出現白色菌落；如果在lacZ基因內無外源基因插人，則有l(wèi)ac Z表達，轉化菌在同樣條件下呈藍色菌落(圖15-8)。再結合插入片段的序列測定可篩選、鑒定重組體與非重組體載體。