細(xì)菌（英文名：Bacteria）是生物的主要類群之一，屬于細(xì)菌域。細(xì)菌是所有生物中數(shù)量最多的一類，據(jù)估計，其總數(shù)約有 5×1030個[1].細(xì)菌的個體非常小，目前已知最小的細(xì)菌只有0.2微米長[2] ，因此大多只能在顯微鏡下看到它們。細(xì)菌一般是單細(xì)胞，細(xì)胞結(jié)構(gòu)簡單，缺乏細(xì)胞核、細(xì)胞骨架以及膜狀胞器，例如粒線體和葉綠體?；谶@些特征，細(xì)菌屬于原核生物（Prokaryota）。原核生物中還有另一類生物稱做古細(xì)菌（Archaea），是科學(xué)家依據(jù)演化關(guān)系而另辟的類別。為了區(qū)別，本類生物也被稱做真細(xì)菌（Eubacteria）。

　　細(xì)菌廣泛分布于土壤和水中，或著與其他生物共生。人體身上也帶有相當(dāng)多的細(xì)菌。據(jù)估計，人體內(nèi)及表皮上的細(xì)菌細(xì)胞總數(shù)約是人體細(xì)胞總數(shù)的十倍[3].此外，也有部分種類分布在極端的環(huán)境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中[4]，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海棲熱袍菌（Thermotoga maritima），科學(xué)家是在意大利的一座海底火山中發(fā)現(xiàn)這種細(xì)菌的[5].然而，細(xì)菌的種類是如此之多，醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)|收集整理科學(xué)家研究過并命名的種類只占其中的小部份。細(xì)菌域下所有門中，只有約一半能在實驗室培養(yǎng)的種類[6].

　　細(xì)菌的營養(yǎng)方式有自營及異營，其中異營的腐生細(xì)菌是生態(tài)系中重要的分解者，使碳循環(huán)能順利進(jìn)行。部分細(xì)菌會進(jìn)行固氮作用，使氮元素得以轉(zhuǎn)換為生物能利用的形式。細(xì)菌也對人類活動有很大的影響。一方面，細(xì)菌是許多疾病的病原體，包括肺結(jié)核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細(xì)菌所引發(fā)。然而，人類也時常利用細(xì)菌，例如奶酪及酸奶的制作、部分抗生素的制造、廢水的處理等，都與細(xì)菌有關(guān)。在生物科技領(lǐng)域中，細(xì)菌有也著廣泛的運用。

　　歷史

　　細(xì)菌這個名詞最初由德國科學(xué)家埃倫伯格（Christian Gottfried Ehrenberg， 1795-1876）在1828年提出，用來指代某種細(xì)菌。這個詞來源于希臘語βακτηριον，意為“小棍子”。

　　1866年，德國動物學(xué)家?？藸枺‥rnst Haeckel， 1834-1919）建議使用“原生生物”，包括所有單細(xì)胞生物（細(xì)菌、藻類、真菌和原生動物）。

　　1878年，法國外科醫(yī)生塞迪悅（Charles Emmanuel Sedillot， 1804-1883）提出“微生物”來描述細(xì)菌細(xì)胞或者更普遍的用來指微小生物體。

　　因為細(xì)菌是單細(xì)胞微生物，用肉眼無法看見，需要用顯微鏡來觀察。1683年，列文虎克（Antony van Leeuwenhoek， 1632–1723）最先使用自己設(shè)計的單透鏡顯微鏡觀察到了細(xì)菌，大概放大200倍。路易。巴斯德（Louis Pasteur， 1822-1895）和羅伯特?？坪眨≧obert Koch， 1843-1910）指出細(xì)菌可導(dǎo)致疾病。

　　繁殖

　　細(xì)菌可以以無性或者遺傳重組兩種方式繁殖，最主要的方式是以二分裂法這種無性繁殖的方式：一個細(xì)菌細(xì)胞細(xì)胞壁橫向分裂，形成兩個子代細(xì)胞。并且單個細(xì)胞也會通過如下幾種方式發(fā)生遺傳變異：突變（細(xì)胞自身的遺傳密碼發(fā)生隨機改變），轉(zhuǎn)化（無修飾的DNA從一個細(xì)菌轉(zhuǎn)移到溶液中另一個細(xì)菌中），轉(zhuǎn)染（病毒的或細(xì)菌的DNA，或者兩者的DNA，通過噬菌體轉(zhuǎn)移到另一個細(xì)菌中），細(xì)菌接合（一個細(xì)菌的DNA通過兩細(xì)菌間形成的特殊的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，接合菌毛，轉(zhuǎn)移到另一個細(xì)菌）。細(xì)菌可以通過這些方式獲得DNA，然后進(jìn)行分裂，將重組的基因組傳給后代。許多細(xì)菌都含有包含染色體外DNA的質(zhì)粒。

　　處于有利環(huán)境中時，細(xì)菌可以形成肉眼可見的集合體，例如菌簇。

　　代謝

　　細(xì)菌具有許多不同的代謝方式。一些細(xì)菌只需要二氧化碳作為它們的碳源，被稱作自養(yǎng)生物。那些通過光合作用從光中獲取能量的，稱為光合自養(yǎng)生物。那些依靠氧化化合物中獲取能量的，稱為化能自養(yǎng)生物。另外一些細(xì)菌依靠有機物形式的碳作為碳源，稱為異養(yǎng)生物。

　　光合自養(yǎng)菌包括藍(lán)細(xì)菌（Cyanobacteria），它是已知的最古老的生物，可能在制造地球大氣的氧氣中起了重要作用。其他的光合細(xì)菌進(jìn)行一些不制造氧氣的過程。包括綠硫細(xì)菌，綠非硫細(xì)菌，紫硫細(xì)菌，紫非硫細(xì)菌和太陽桿菌。

　　正常生長所需要的營養(yǎng)物質(zhì)包括氮，硫，磷，維生素和金屬元素，例如鈉，鉀，鈣，鎂，鐵，鋅和鈷。

　　根據(jù)它們對氧氣的反應(yīng)，大部分細(xì)菌可以被分為以下三類：一些只能在氧氣存在的情況下生長，稱為需氧菌；另一些只能在沒有氧氣存在的情況下生長，稱為厭氧菌；還有一些無論有氧無氧都能生長，稱為兼性厭氧菌。細(xì)菌也能在人類認(rèn)為是極端的環(huán)境中旺盛得生長，這類生物被稱為極端微生物。一些細(xì)菌存在于溫泉中，被稱為嗜熱細(xì)菌；另一些居住在高鹽湖中，稱為喜鹽微生物；還有一些存在于酸性或堿性環(huán)境中，被稱為嗜酸細(xì)菌和嗜堿細(xì)菌；另有一些存在于阿爾卑斯山冰川中，被稱為嗜冷細(xì)菌。

　　運動

　　運動型細(xì)菌可以依靠鞭毛，細(xì)菌滑行或改變浮力來四處移動。另一類細(xì)菌，螺旋體，具有一些類似鞭毛的結(jié)構(gòu)，稱為軸絲，連接周質(zhì)的兩細(xì)胞膜。當(dāng)他們移動時，身體呈現(xiàn)扭曲的螺旋型。螺旋菌則不具軸絲，但其具有鞭毛。

　　細(xì)菌鞭毛以不同方式排布。細(xì)菌一端可以有單獨的極鞭毛，或者一叢鞭毛。周毛菌表面具有分散的鞭毛。

　　運動型細(xì)菌可以被特定刺激吸引或驅(qū)逐，這個行為稱作趨性，例如，趨化性，趨光性，趨機械性。在一種特殊的細(xì)菌，粘細(xì)菌中，個體細(xì)菌互相吸引，聚集成團，形成子實體。

　　形態(tài)

　　桿菌，球菌，螺旋菌，弧菌

　　分類地位

　　細(xì)菌的分類的變化根本上反應(yīng)了發(fā)展史思想的變化，許多種類甚至經(jīng)常改變或改名。最近隨著基因測序，基因組學(xué)，生物信息學(xué)和計算生物學(xué)的發(fā)展，細(xì)菌學(xué)被放到了一個合適的位置。

　　最初除了藍(lán)細(xì)菌外（它完全沒有被歸為細(xì)菌，而是歸為藍(lán)綠藻），其他細(xì)菌被認(rèn)為是一類真菌。隨著它們的特殊的原核細(xì)胞結(jié)構(gòu)被發(fā)現(xiàn)，這明顯不同于其他生物（它們都是真核生物），導(dǎo)致細(xì)菌歸為一個單獨的種類，在不同時期被稱為原核生物，細(xì)菌，原核生物界。一般認(rèn)為真核生物來源于原核生物。

　　通過研究rRNA序列，美國家伍茲（Carl Woese）于1976年提出，原核生物包含兩個大的類群。他將其稱為真細(xì)菌（Eubacteria）和古細(xì)菌（Archaebacteria），后來被改名為細(xì)菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。伍茲指出，這兩類細(xì)菌與真核細(xì)胞是由一個原始的生物分別起源的不同的種類。研究者已經(jīng)拋棄了這個模型，但是三域系統(tǒng)獲得了普遍的認(rèn)同。這樣，細(xì)菌就可以被分為幾個界，而在其他體系中被認(rèn)為是一個界。它們通常被認(rèn)為是一個單源的群體，但是這種方法仍有爭議。

　　細(xì)菌分類

　　細(xì)菌可以按照不同的方式分類。細(xì)菌具有不同的形狀。大部分細(xì)菌是如下三類：桿菌是棒狀；球菌是球形（例如鏈球菌或葡萄球菌）；螺旋菌是螺旋形。另一類，弧菌，是逗號形。

　　細(xì)菌的結(jié)構(gòu)十分簡單，原核生物，沒有膜結(jié)構(gòu)的細(xì)胞器例如線粒體和葉綠體，但是有細(xì)胞壁。根據(jù)細(xì)胞壁的組成成分，細(xì)菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌。“革蘭氏”來源于丹麥細(xì)菌學(xué)家革蘭（Hans Christian Gram），他發(fā)明了革蘭氏染色。

　　有些細(xì)菌細(xì)胞壁外有多糖形成的莢膜，形成了一層遮蓋物或包膜。莢膜可以幫助細(xì)菌在干旱季節(jié)處于休眠狀態(tài)，并能儲存食物和處理廢物。

　　用處和危害

　　細(xì)菌對環(huán)境，人類和動物既有用處又有危害。一些細(xì)菌成為病原體，導(dǎo)致了破傷風(fēng)、傷寒、肺炎、梅毒、霍亂和肺結(jié)核。在植物中，細(xì)菌導(dǎo)致葉斑病、火疫病和萎蔫。感染方式包括接觸、空氣傳播、食物、水和帶菌微生物。病原體可以用抗生素處理，抗生素分為殺菌型和抑菌型。

　　細(xì)菌通常與酵母菌及其他種類的真菌一起用于酦酵食物，例如在醋的傳統(tǒng)制造過程中，就是利用空氣中的醋酸菌（Acetobacter）使酒轉(zhuǎn)變成醋。其他利用細(xì)菌制造的食品還有奶酪、泡菜、醬油、醋、酒、酸奶等[7][8].細(xì)菌也能夠分泌多種抗生素，例如鏈霉素即是由鏈霉菌（Steptomyces）所分泌的[9].

　　細(xì)菌能降解多種有機化合物的能力也常被用來清除污染，稱做生物復(fù)育（bioremediation ）。舉例來說，科學(xué)家利用嗜甲烷菌（methanotroph）來分解美國佐治亞州的三氯乙烯和四氯乙烯污染[9].

　　其他細(xì)菌是非常古老的生物，大約出現(xiàn)于37億年前。

　　真核生物細(xì)胞中的兩種細(xì)胞器：線粒體和葉綠體，通常被認(rèn)為是來源于內(nèi)共生細(xì)菌。

　　微生物大量分布于有食物，潮濕，合適的溫度，適于它們繁殖和生長的地方。細(xì)菌可以被氣流從一個地方帶到另一個地方。人體是大量細(xì)菌的棲息地；可以在皮膚表面、腸道、口腔、鼻子和其他身體部位找到。它們存在于人類呼吸的空氣中，喝的水中，吃的食物中。