穴居顛頂，聯系腦部：百會穴位居顛頂部，其深處即為腦之所在；且百會為督脈經穴,督脈又歸屬與腦。此外，根據“氣街”理論，“頭氣有街”、“氣在頭者，止之于腦”（《靈樞·衛(wèi)氣》），即經氣到頭部的（手、足三陽）都聯系于腦。根據“四海”理論，“腦為髓海”。楊上善注說“胃流津液滲入骨空，變而為髓，頭中最多，故為海也。是腎所生，其氣上輸腦蓋百會穴，下輸風府也”。可見，百會穴與腦密切聯系，是調節(jié)大腦功能的要穴。百脈之會，貫達全身。頭為諸陽之會，百脈之宗，而百會穴則為各經脈氣會聚之處。穴性屬陽，又于陽中寓陰，故能通達陰陽脈絡，連貫周身經穴，對于調節(jié)機體的陰陽平衡起著重要的作用。