整個消化管管壁可清楚地分為幾層，其組成如下：

粘膜

粘膜是中空器官的內膜。將管腔內容物與腸壁內部結構分隔開，由上皮層、固有層和粘膜肌層組成。

食管和末端肛管的上皮為鱗狀上皮，其余消化道粘膜由柱狀上皮細胞組成。在不同的器官，這些細胞的結構也不相同。

上皮層下的粘膜固有層中有毛細血管網、淋巴管和腸相關淋巴組織的免疫細胞，是抵御病原體侵襲的第一道重要防線。

粘膜下層

粘膜下層位于粘膜下。粘膜肌層是一層薄的肌肉，將粘膜層和粘膜下層分隔開。粘膜下層含有血管、淋巴管和稱之為粘膜下神經叢（Meissner神經叢）的神經網。在食管，此層還包含分泌粘液的腺體。

肌層

腸壁的肌肉包括數層肌纖維，每層肌纖維排列方向不相同。大部分消化器官有兩層肌肉，內環(huán)肌和外縱肌。但胃例外，其還有一層斜行??；結腸也較特殊，其外縱肌層沿結腸縱軸形成三條分散的肌帶（結腸帶）。

肌層的神經網稱為腸肌間神經叢（Auerbach神經叢），位于環(huán)行肌與縱行肌之間。

除了包含上食管括約肌（UES）的近段食管，及包含肛門外括約肌的遠段肛管兩者的肌層是由橫紋肌纖維組成之外，胃腸道肌肉一般是由平滑肌纖維組成的。

外層/漿膜

漿膜是一層結締組織，構成消化器官的外層。胃和小腸的漿膜與腹膜（一層漿膜）相延續(xù)。