氨基酸（Aminoacids）蛋白質(zhì)（Proteins）和酶類（Enzymes）蛋白質(zhì)是高分子量的化合物，由α-氨基酸組成。這些氨基酸約有30種，具R-CH（NH2）-COOH的通式。有的氮在環(huán)中。酶是生活有機(jī)體內(nèi)具有特殊催化能力的蛋白質(zhì)，它們大多能溶于水，不溶于乙醇等有機(jī)溶劑。蛋白質(zhì)的性質(zhì)不穩(wěn)定，遇酸、堿、熱或某些試劑作用都可沉淀，例如將含蛋白質(zhì)的水溶液加熱至沸或在含蛋白質(zhì)的溶液中加入乙醇等溶劑，或加入中性鹽類（如氯化鈉）或醋酸鉛等試劑，都可使蛋白質(zhì)沉淀，中草藥中蛋白質(zhì)可據(jù)此種性質(zhì)提取或去除。

中草藥中氨基酸與蛋白質(zhì)成分的存在與否可用以下方法檢查，藥材冷水提取液1m1，加0.2％茚三酮試液2～3滴，搖勻，在沸水浴中加熱5分鐘，如顯藍(lán)、藍(lán)紫或紫紅色為正反應(yīng)。

蛋白質(zhì)與酶等在制備中草藥制劑時(shí)一般都被視為雜質(zhì)而除去，因糖漿中有大量蛋白質(zhì)時(shí)就易霉壞，注射劑中有蛋白質(zhì)時(shí)易產(chǎn)生混濁以及注射后產(chǎn)生疼痛或更強(qiáng)烈的副作用。但最近也發(fā)現(xiàn)有一些蛋白質(zhì)、氨基酸與酶都有生物活性作用，如從栝樓根（天花粉）中提得的天花粉蛋白質(zhì)可用于人工引產(chǎn)與治療絨毛膜上皮癌，（即惡性葡萄胎），蕨蘿蛋白酶用于抗水腫與抗炎，南瓜子中提得的南瓜子氨酸（Cucurbitine）可用于抑制血吸蟲、絳蟲、蟯蟲的生長(zhǎng)，使君子中的使君子氨酸（Quisqualicacid）可驅(qū)蛔蟲等。

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