皮膚上的細(xì)菌往往與個人衛(wèi)生及環(huán)境情況而有所差異。最常見的是革蘭氏陽性球病，其中以表皮葡萄球菌為多見，有時亦有金黃色葡萄球菌。當(dāng)皮膚受損傷時，可引起化膿性感染，如癤、痛。在外陰部與肛門部位，可找到非致病性抗酸性恥垢桿菌。

口腔中的細(xì)菌，口腔溫度適宜，含有食物殘?jiān)俏⑸锷L的良好條件。口腔中的微生物有各種球菌、乳酸桿菌、梭形菌、螺旋體和真菌等。

胃腸道的細(xì)菌，因部位而不同，胃酸的殺菌作用，健康人的空腸常無菌。若胃功能障礙，如胃酸分泌降低，尤其是胃癌時，往往出現(xiàn)八疊球菌、乳酸桿菌、芽胞桿菌等。成年人的空腸和回腸上部的細(xì)菌很少，甚至無菌，腸道下段細(xì)菌逐漸增多。大腸積存有食物殘?jiān)?，又有合適酸鹼度，適于細(xì)菌繁殖，菌量占糞便的1/3.大腸中微生物的種類繁多，主要有大腸桿菌、脆弱類桿菌、雙歧桿菌、厭氧性球菌等，其他還有乳酸桿菌、葡萄球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、真菌等。

呼吸道的細(xì)菌，鼻腔和咽部經(jīng)常存在葡萄球菌、類白喉?xiàng)U菌等。在咽喉及扁桃體粘膜上，主要是甲型鏈球菌和卡他球菌占優(yōu)勢，此外還經(jīng)常存在著潛在致病性微生物如肺炎球菌、流感桿菌、乙型鏈球菌等。正常人支氣管和肺泡是無菌的。

泌尿生殖道的細(xì)菌，正常情況下，僅在泌尿道外部有細(xì)菌存在，如男性生殖器有恥垢桿菌，尿道口有葡萄球菌和革蘭氏陰性球菌及桿菌；女性尿道外部與外陰部菌群相仿，除恥垢桿菌外，還有葡萄球菌、類白喉?xiàng)U菌和大腸桿菌等。陰道內(nèi)的細(xì)菌隨著內(nèi)分泌的變化而異。從月經(jīng)初潮至絕經(jīng)前一般多見的為陰道桿菌（乳酸桿菌類）；而月經(jīng)初潮前女孩及絕經(jīng)期后婦女，陰道內(nèi)主要細(xì)菌有葡萄球菌、類白喉?xiàng)U菌、大腸桿菌等。

機(jī)體的多數(shù)組織器官是無菌的，若有侵入的細(xì)菌未被消滅，則可引起傳染。因而在醫(yī)療實(shí)踐中，當(dāng)手術(shù)、注射、穿刺、導(dǎo)尿時，應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行無菌操作，以防細(xì)菌感染。