電子顯微鏡的主要組成部分是：

電子源是一個釋放自由電子的陰極，一個環(huán)狀的陽極加速電子。陰極和陽極之間的電壓差必須非常高，一般在數(shù)千伏到3百萬伏之間。

電子透鏡用來聚焦電子。一般使用的是磁透鏡，有時也有使用靜電透鏡的。電子透鏡的作用與光學顯微鏡中的光學透鏡的作用是一樣的。光學透鏡的焦點是固定的，而電子透鏡的焦點可以被調節(jié)，因此電子顯微鏡不象光學顯微鏡那樣有可以移動的透鏡系統(tǒng)。

真空裝置。真空裝置用以保障顯微鏡內的真空狀態(tài)，這樣電子在其路徑上不會被吸收或偏向。

樣品架。樣品可以穩(wěn)定地放在樣本架上。此外往往還有可以用來改變樣品（如移動、轉動、加熱、降溫、拉長等）的裝置。

探測器，用來收集電子的信號或次級信號。