一是以整體觀念為指導(dǎo)，保持中醫(yī)學基本理論的特色。

　　中醫(yī)學的基本理論受道家思想的影響。道家主張“天下萬物生于有，有生于無”，“道生一，一生二，二生三，三生萬物”；中醫(yī)學強調(diào)人體自身的整體性，包括各個部分的全息性和部分之間的聯(lián)系性。中醫(yī)學以整體思維來研究人體，認為任何一個部分的機能都是整體機能的反映。西醫(yī)學運用解剖分析還原方法來研究人體，是由部分到整體的思維。按照中醫(yī)學的整體思維，來研究人體的某一具體的臟腑經(jīng)絡(luò)組織器官的某一功能，是由整體到部分的研究思路。中醫(yī)與西醫(yī)的研究思路雖然不同，但研究的對象都是人體，兩種不同的研究必然會產(chǎn)生一個交會點，這可能就是揭示人體生命規(guī)律的目標點。就目前來說，“證”的研究可能是中醫(yī)理論與臨床研究的突破點。因為證是中醫(yī)學整體思維和辨證論治思想的集中反映，證的病理模型研制、客觀化研究和機理研究是按照中醫(yī)學研究思路而作的探索，應(yīng)是提倡和鼓勵的研究思路和方法。

　　二是將中醫(yī)學理論納入現(xiàn)代科學研究序列。

　　中醫(yī)學應(yīng)屬自然科學，當以自然科學的研究方法來研究和發(fā)展中醫(yī)學理論。結(jié)合目前中醫(yī)學理論研究的實際，提出以下研究思路：即在明確某一理論和概念之內(nèi)涵的基礎(chǔ)上，抓住某一點或某一環(huán)節(jié)進行細致的深層次的微觀研究?；蛱接懫鋬?nèi)在的機制或機理，或以現(xiàn)代實驗技術(shù)建立證的病理模型的方法，以求建立證的評價標準，或?qū)δ骋焕碚撟鞒隹茖W的闡釋，或找到某一方藥的作用部位或作用環(huán)節(jié)。如對肺主行水理論的研究，在確定其理論內(nèi)涵的基礎(chǔ)上，以現(xiàn)代的科學實驗技術(shù)和方法，建立肺行水與呼吸相關(guān)的病理模型——寒飲蘊肺證家兔病理模型，在研究和確立該證評價標準的同時，也從某一側(cè)面得出肺行水的內(nèi)在機理，同時也可找到治療該證的溫陽化飲方的作用環(huán)節(jié)或作用部位。因而可從細胞和分子生物學角度對肺主行水的理論作出科學的闡釋。

　　三是繼續(xù)強化中醫(yī)學在思維方法和人文科學方面的研究。

　　在繼續(xù)傳統(tǒng)思維方法研究的同時注重革新。精氣陰陽五行學說是作為一種思維方法而滲透于中醫(yī)學的，它們在中醫(yī)學理論體系的構(gòu)筑過程中起了重要的方法學作用，但它們并非中醫(yī)學固有的概念或理論。古代哲學的精氣陰陽五行學說是作為一種方法或一種解釋性模型來說明中醫(yī)學的臟腑經(jīng)絡(luò)精氣血津液的作用和功能的，來闡釋人體的生命活動規(guī)律的。就目前而言，它們?nèi)允侵嗅t(yī)學的主要思維方法，其合理的內(nèi)核，科學的精髓以及方法學方面的作用，仍有繼續(xù)深入發(fā)掘的必要。勿庸諱言，隨著中醫(yī)學理論的繼承性研究和現(xiàn)代實驗研究的發(fā)展和深入，古代哲學思想對中醫(yī)學的影響將越來越被淡化。實際上，中醫(yī)學若作為一門自然科學繼續(xù)發(fā)展，不可能永遠與兩千年前的哲學思想——精氣陰陽五行諸學說綁在一起。中醫(yī)學的某些帶有陰陽痕跡的術(shù)語如腎陰腎陽等，到時也只會是一些內(nèi)涵明確的概念，已不再具備哲學的陰陽概念和運動規(guī)律了。

　　要注重中醫(yī)學思維方法的革新，在發(fā)掘傳統(tǒng)思維方法如宏觀、整體、類比、外揣等的同時，開展微觀、局部、邏輯、系統(tǒng)等思維方法的研究，構(gòu)建中醫(yī)學的新的方法學體系。中醫(yī)學理論的發(fā)展和創(chuàng)新，只用傳統(tǒng)的思維方法來研究是遠遠不夠的，必須注重和發(fā)展在整體觀念指導(dǎo)下的局部的、形體的、微觀的研究。

　　同時，強化中醫(yī)學在人文科學方面的發(fā)展。“生物—心理—社會”現(xiàn)代醫(yī)學模式在70年代已經(jīng)提出，醫(yī)學不再是單純的生物醫(yī)學，已經(jīng)融合進了諸多人文社會學科的知識，心身醫(yī)學的發(fā)展就說明了這一點。中醫(yī)學受古代哲學的深刻影響，也融有大量的社會學知識。中醫(yī)學整體思想的建立，強調(diào)自然和社會環(huán)境對人體的影響，就是這種思想的反映。但中醫(yī)學中的人文社會學知識不應(yīng)停留在兩千年前的精氣陰陽五行學說的水平上，而應(yīng)在吸收古代哲學思想中精華的基礎(chǔ)上，兼收并蓄古今中外人文科學中的精華，以充實和發(fā)展中醫(yī)學理論。

　　四是創(chuàng)建科學的假說和構(gòu)建新的理論體系。

　　在以繼承性研究確立中醫(yī)學某一基本理論和概念的內(nèi)涵以及以現(xiàn)代科學手段對該理論和概念的內(nèi)涵作深化研究的過程中，醫(yī)學教育|網(wǎng)搜集整理科學的假說和新的理論就可能孕育產(chǎn)生。如在比較研究中醫(yī)學的精氣理論與古代哲學的精氣學說的過程中，在對藏象概念的內(nèi)涵及其產(chǎn)生根源的探討中，發(fā)現(xiàn)了現(xiàn)行的“臟腑氣血陰陽”理論體系的諸多問題，產(chǎn)生了構(gòu)建“臟腑—精氣—陰陽”理論體系的想法，以科學地表述臟腑之精、氣、陰陽的概念及其之間的邏輯關(guān)系，并較確切地表述臟腑的生理功能和病理變化。臟腑精氣陰陽理論體系，實際上是一個新的臟腑功能和人體生命活動的解釋性模型，對認識人體生命的來源，說明人體生命的持續(xù)和變化規(guī)律，指導(dǎo)臨床臟腑病證的辨證和治療，具有重要的指導(dǎo)意義。再如在確立肺行水理論的內(nèi)涵及對此理論作深化研究的過程中，我們發(fā)現(xiàn)肺的行水功能與呼吸道的舒縮密切相關(guān)，因而在科學實驗的基礎(chǔ)上，提出肺陽行水的作用機制可能在于調(diào)節(jié)呼吸道的舒縮的假說。

　　備注：中醫(yī)學是否屬于自然科學是個大問題，和中醫(yī)科學與否的爭論一樣，不同人有不同的看法。上文第二點所提及的“將中醫(yī)學理論納入現(xiàn)代科學研究序列”，是在探討中醫(yī)學的一個研究方向。在這個研究方向上，基本上有兩個觀點：一個是回歸傳統(tǒng)，就是強調(diào)繼承，從中醫(yī)經(jīng)典中繼承、發(fā)展中醫(yī)；一個是所謂的中醫(yī)科學化，就是利用現(xiàn)代的科學技術(shù)及科學方法來研究中醫(yī)。各家對此皆有爭論，本文僅供參考。