本病主要應與尿道綜合征、腎結核、腎小球疾病、前列腺炎、尿路結石、腹部器官炎癥等鑒別。

　　（1）腹部器官炎癥：有些尿路真菌感染病例主要表現為腹痛、惡心、嘔吐、發(fā)熱、血白細胞數增高，易誤診為急性胃腸炎、闌尾炎、附件炎等，若能及時查尿，易于鑒別。

　　（2）尿道綜合征：在有尿道癥狀的婦女中，約70%的患者有膿尿和細菌尿，為真性尿路感染，而另外30%的患者，不是真正的尿路感染，而屬于尿道綜合征。醫(yī)學|教育網搜集整理這類病例在臨床上常常容易被誤診為尿路感染。

　　（3）尿路真菌感染：還應與腎結核、腎小球腎炎、前列腺炎等疾病鑒別。