瘧疾的病理變化主要由單核巨噬細胞增生所致。在脾內(nèi)大量吞噬細胞吞噬含原蟲的紅細胞、及被原蟲破壞的紅細胞碎片與瘧色素，因而患者脾腫大，腫大的脾臟質(zhì)硬、包膜厚；切面充血，馬氏小體不明顯。顯微鏡下可見大量含瘧原蟲的紅細胞及瘧色素；反復發(fā)作者網(wǎng)狀組織纖維化，因而病愈后脾腫不能縮小。肝臟輕度腫大，肝細胞混濁腫脹與變性，小葉中心區(qū)尤甚。Kupffer細胞大量增生，內(nèi)含瘧原蟲及瘧色素。高瘧區(qū)患者有脾臟巨大，血清IgM及瘧疾抗體升高，但其瘧原蟲數(shù)不多，抗瘧治療有效，稱此為熱帶巨脾綜合癥（Tropical splenomegaly syndrome）。可能是與遺傳有關的異常免疫反應。

　　貧血：瘧原蟲破壞紅細胞因蟲種差異及瘧原蟲侵犯紅細胞的類型不一而不同。惡性瘧原蟲繁殖迅速，且侵犯不同年齡的紅細胞，所以短期內(nèi)即有10%的紅細胞破壞。因而貧血發(fā)生早而顯著。間日瘧常侵犯網(wǎng)織紅細胞，受染紅細胞不超過2%，故貧血較輕。三日瘧原蟲侵犯衰老的紅細胞，破壞不超過1%，貧血常不顯著。事實上紅細胞破壞的數(shù)量往往幾倍于受染紅細胞數(shù)，這可能是瘧原蟲的抗原成份沾染了正常紅細胞，而導致機體免疫識別有關。惡性瘧疾時紅細胞大量破壞，發(fā)生DIC，可出現(xiàn)溶血性黃疸。

　　兇險發(fā)作可致腦組織充血、水腫；大腦白質(zhì)內(nèi)散在出血點、充血|醫(yī)學|教育網(wǎng)|整理；軟腦膜顯著充血水腫，重者溝回變淺。醫(yī)學|教育網(wǎng)|整理|顯微鏡下毛細血管充血，內(nèi)含大量染瘧原蟲的紅細胞及不含蟲而聚集的紅細胞。還可見環(huán)形出血灶、Durcl肉芽腫、局灶性脫鞘和退行性病變。

　　其它器官如：骨髓、腎、胃腸、肺、心、腎上腺等亦有不同程度的吞噬細胞增生，并可見吞噬有含瘧原蟲的紅細胞和瘧色素，毛細血管內(nèi)有含瘧原蟲的紅細胞，甚者微血管阻塞，內(nèi)皮脫落、變性壞死等。