由頜骨的錯位或畸形所致的骨性錯合，并非僅源于牙的不規(guī)則排列，可以為多種原因所造成的。遺傳方式、胚胎發(fā)育缺陷、創(chuàng)傷、功能影響等均起著重要的作用。有關(guān)頜骨的特殊遺傳綜合征或先天缺陷是罕見的，主要因創(chuàng)傷引起的錯合也不多見。完美的咬合不一定只出現(xiàn)在原始人群，這一事實提示我們，理想合的改變是與正常功能協(xié)調(diào)的。

過去，頜骨的變異與長期生存及繁衍的過程相一致?，F(xiàn)在，由于飲食的變化，導(dǎo)致頜骨的更大變異。

我們有理由認(rèn)為大多數(shù)中等程度骨性錯合是遺傳因素所致，雖然這種遺傳模式與我們的理想咬合概念不一致，但是與可接受的功能相協(xié)調(diào)。據(jù)報導(dǎo)，安氏Ⅱ類錯合幾乎全部是由于下頜發(fā)育不足所致。對大部份個體來說，有下頜后縮的遺傳傾向，僅有少數(shù)安氏Ⅱ類錯合是來自生長發(fā)育的特殊干擾，而且，任何一個病例不可能是單純由功能不調(diào)造成的。然而，如果功能不調(diào)存在，則可促進(jìn)安氏Ⅱ頰錯合的形成。

較嚴(yán)重的安氏Ⅱ類錯合病例亦是由這種遺傳模式所致，環(huán)境因素加重了畸形的程度。與安氏Ⅱ類錯合相反醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理，安氏Ⅲ類錯合是由上頜發(fā)育不足和下頜前突共同造成的。由于下頜位置不正?？墒瓜骂M的過度生長，這是髁突持續(xù)偏離關(guān)節(jié)窩刺激下頜生長的結(jié)果。下頜功能性變化僅對牙產(chǎn)生影響，但由于呼吸的需要，舌體的大小，咽腔大小等所造成的下頜位置則會影響頜骨的大小?，F(xiàn)已明確下頜前突有明顯種族或家庭傾向，但是分析遺傳傾向是否是導(dǎo)致下頜過大的主要因素或者是否導(dǎo)致舌體過大以及其它可繼發(fā)引起下頜過大的原因，則無關(guān)緊要。上頜發(fā)育不足的原因尚不清楚，如果僅僅因單純的環(huán)境因素造成是不可能的。與安氏Ⅱ類錯合相似，大多數(shù)骨性錯合與遺傳性的頜骨各部比例失調(diào)有關(guān)。

在習(xí)慣上，功能改變一直被認(rèn)為與垂直骨性錯合，尤其是前牙開合有關(guān)。一個前牙中度開合的兒童除非證明有其它問題存在，否則均可以認(rèn)為有吮指習(xí)慣。此外，盡管開合與吞咽時舌的活動無關(guān)，但與舌的位置有關(guān)。由鼻咽部部分阻塞所致的舌位置的改變可能對開合形成起重要作用。后牙過度萌出亦可形成前牙開合，而下頜及舌的位置下降可允許后牙的過度萌出。但是醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理，恰如面部前后比例和頜骨的垂直向比例都受遺傳的影響。