可靜脈、皮下、肌內或鞘內注射而吸收。靜脈注射后能廣泛分布于體液、組織及細胞內，靜脈滴注后約有中等量的藥物可透過血腦屏障，其濃度約為血漿中濃度的40％。本品在肝、腎等組織內代謝，在血及組織中很容易被胞嘧啶脫氨酶迅速脫氨而形成無活性的尿嘧啶阿拉伯糖苷。在腦脊液內，由于脫氨酶含量較低，故其脫氨作用較緩慢。靜脈給藥時，T1/2α為10～15分鐘。T1/2β2～2.5小時；鞘內給藥時，T1/2可延至11小時。在24小時內約10％以阿糖胞苷，70%～ 90％以尿嘧啶阿糖胞苷為主的無活性物質形式從腎臟排泄。