藥品集中托管在收支管理環(huán)節(jié)上，實行藥品“收支兩條線”。醫(yī)院藥品收入統(tǒng)一到政府衛(wèi)生財政，每月由政府與供應(yīng)商結(jié)算藥款。同時，政府衛(wèi)生部門通過財政方式補貼回到醫(yī)院。除了通過剝離醫(yī)院采購權(quán)與收支兩條線所擠壓出的灰色利益空間，由于引入第三方電子交易平臺，醫(yī)院和藥廠直面交易，這種直通車模式排斥了藥品流通環(huán)節(jié)，節(jié)約醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理流通成本。

　　江蘇省醫(yī)藥公司副總經(jīng)理：陳冬寧

　　以前我們商業(yè)公司是靠這個藥品差價，比如說我進(jìn)來一塊錢，我賣了一塊一或者一塊零五，我賺了這個差價，來獲取利潤，現(xiàn)在我是靠我的配送，配送費來獲取我們企業(yè)的利潤的。這是現(xiàn)在這個集中采購跟醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理以前的不一樣的，最大的不同。

　　陳東寧承認(rèn)，在藥品集中托管中，從藥品經(jīng)營企業(yè)到藥品配送企業(yè)的簡單身份轉(zhuǎn)換，擠出了部分藥品企業(yè)經(jīng)營利潤。

　　江蘇省醫(yī)藥公司副總經(jīng)理：陳冬寧

　　靠藥品差價相對來講利潤要比現(xiàn)在配送的利潤要高一點，比如說我們毛利能達(dá)到六個點到七個點，也就是一千萬，假如我做一千萬的話，我的毛利可能也要達(dá)到六十萬左右，現(xiàn)在只有達(dá)到四十萬左右了。

　　2008年8月，江蘇和浙江的部分醫(yī)藥企業(yè)曾聲討南京的藥品集中托醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理管模式，他們擔(dān)心在新的藥品集中托管模式中，生產(chǎn)企業(yè)和經(jīng)營企業(yè)將處于前所未有的弱勢地位中，生產(chǎn)企業(yè)面對著直接的低價壓力，而經(jīng)營企業(yè)則必須面對弱化為“搬運工”的窘境。雖然利潤被擠壓，但陳冬寧承認(rèn)，藥品集中托管對于他們這樣的醫(yī)藥經(jīng)營企業(yè)來說，也并非是一件壞事。

　　江蘇省醫(yī)藥公司副總經(jīng)理：陳冬寧

　　說實話，醫(yī)院有拖欠現(xiàn)象，三個月、四個月，甚至五個月的，在這次招標(biāo)中，這次集醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理中網(wǎng)上集中采購中，因為有政府信用的擔(dān)保，我們可以在預(yù)定的時間，兩個多月就可以及時到帳了，資金的周轉(zhuǎn)對我們這個流動企業(yè)來講，很重要的，提前一個月，說實話，影響力也不小，本質(zhì)上我們的利就很薄，所以從這點上講，我們的企業(yè)的利益得到了保障。

　　就在一些國有醫(yī)藥經(jīng)營企業(yè)因為南京的藥品集中托管而抱怨的時候，一家民營醫(yī)藥經(jīng)營企業(yè)卻借著這個機會打進(jìn)了南京三甲醫(yī)院。

　　九州通集團董事局主席：劉寶林

　　最近呢就是應(yīng)該說是我們九州通有史以來能夠直接在三甲醫(yī)院開戶的這樣一個首例，現(xiàn)在南京市有九家三甲醫(yī)院，我們在開戶了八家，因為這是一個很大的突破。

　　同樣是在2000年，與宿遷改制醫(yī)院同時發(fā)展的這家民營醫(yī)藥經(jīng)營通企業(yè)，這9年以來，從沒有給二甲級以上的公立醫(yī)醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理院往配送過藥品，更不用說登上三甲醫(yī)院的藥房大門了。