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原理：為區(qū)帶電泳，聚丙烯酰胺凝膠為網狀結構，具有分子篩效應。抗原等蛋白樣品經SDS處理后帶負電荷，在聚丙烯酰胺凝膠中從陰極向陽極泳動，分子量越小，泳動速度就越快。這樣就在聚丙烯酰胺凝膠上分離數條帶。此階段分離效果肉眼不可見（只有在染色后才顯出電泳區(qū)帶）。

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