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一般游離苷元難溶于或不溶于水，易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、乙醚等有機溶劑及稀堿水溶液中。平面性強的分子如黃酮、黃酮醇、查耳酮等，因分子與分子間排列緊密，分子間引力較大，而難溶于水；如二氫黃酮、二氫黃酮醇等非平面分子，分子與分子間排列不緊密，分子間引力降低，有利于水分子進入，溶解度稍大。

花青素（花色苷元）類雖也是平面結構，但因以離子形式存在，具有鹽的通性，故親水性較大，溶解度大。

黃酮類化合物的羥基糖苷化后，水溶度即相應加大，而在有機溶劑中的溶解度則相應減小。黃酮苷易溶于水、甲醇、乙醇等強極性溶劑中，但難溶或不溶苯、三氯甲烷等有機溶劑中。糖鏈越長。水溶度越大；苷元相同時糖分子越多，水溶度越大。

另外，糖結合位置不同，對苷的水溶度也有影響。如棉黃素（3，5，7，8，3′，4′-六羥基黃酮），其 3-O-葡萄糖苷的水溶度＞7-O-葡萄糖苷。

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