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發(fā)布醫(yī)學(xué)會(huì)議通知

最新 “微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班”的通知

會(huì)議日期 2019-04-11至 2019-04-14
會(huì)議地點(diǎn) 北京朝陽(yáng)區(qū)
會(huì)議學(xué)科 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位 中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
學(xué)分情況 無(wú)

“微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班”的通知

各有關(guān)單位:

微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體,每種微生物都有其獨(dú)特的功能。微生物學(xué)(microbiology)作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一,在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國(guó)內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機(jī)構(gòu),為推動(dòng)我國(guó)微生物學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平,更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗(yàn)。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求,由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式,使學(xué)員在短時(shí)間內(nèi)對(duì)微生物研究中涉及的知識(shí)和方法得到進(jìn)一步地提高,同時(shí)學(xué)員與授課專家進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)交流與咨詢,探討學(xué)員在平時(shí)工作、研究中的瓶頸問(wèn)題。與同行交流以拓寬自己的研究思路,共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究?jī)r(jià)值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下:

一、 授課模式:1. 上機(jī)操作為主,理論為輔;

2. 學(xué)員與授課老師互動(dòng)性授課;

3. 解決學(xué)員在授課當(dāng)中的疑難問(wèn)題;

4. 幫助學(xué)員開拓在課題工作中實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路及解決相關(guān)問(wèn)題;

5. 配合研究中所需的要點(diǎn),圍繞實(shí)際研究中常用的軟件展開;

二、授課專家

主講專家來(lái)自中科院權(quán)威機(jī)構(gòu),擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn),長(zhǎng)期從事生物信息領(lǐng)域項(xiàng)目研究,具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景。

三、時(shí)間地點(diǎn):        2019年4月11日——4月14日        北京

(時(shí)間安排:第1天報(bào)到,授課3天)

四、培訓(xùn)內(nèi)容:

理論內(nèi)容:

一、宏基因組學(xué)

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 測(cè)序平臺(tái)、引物設(shè)計(jì)及區(qū)域選擇不同測(cè)序平臺(tái)、針對(duì)細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

1.2. 測(cè)序量及采樣建議

針對(duì)水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4. 結(jié)果解析

1.4.1 OTU聚類

1.4.2 物種注釋

1.4.3 物種分布情況

1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性

Coverage

Chao指數(shù)

ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richness rarefaction曲線

1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析:

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2. DSS (direct shotgun sequencing)法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注釋分析

2.3. 代謝途徑解析

二、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

1 介紹

2 物種組成、功能及代謝途徑分析

宏基因組優(yōu)勢(shì)菌分析

1.泛基因組分析

2.宏基因組中的優(yōu)勢(shì)菌株單基因組分析

上機(jī)實(shí)習(xí):

一、宏基因組中的優(yōu)勢(shì)菌株單基因組常規(guī)分析流程

1.原始數(shù)據(jù)評(píng)估 (fastqc)

2 基因組拼接、畫圖(CGview等)

3 功能注釋 (KEGG、CARD、Resfinder等)

4 進(jìn)化樹分析 (MEGA、evolview)

5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)

二、宏基因組學(xué)(16S部分)介紹以及上機(jī)操作

1.Virtual box 及Qiime2 安裝

2.Linux基礎(chǔ)知識(shí)介紹

3.Qiime2:數(shù)據(jù)處理,

質(zhì)控,

生成feature,

進(jìn)化樹構(gòu)建,

多樣性分析,

差異分析,

物種注釋

三、R語(yǔ)言基礎(chǔ)及宏基因組相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析

1.常用基本命令

變量賦值

文件讀寫

常用的統(tǒng)計(jì)函數(shù)

2.差異OTU及差異菌群分析

wilcox檢驗(yàn)

3.相關(guān)性檢驗(yàn)

差異OTU與樣本臨床信息相關(guān)性檢驗(yàn)

4.alpha多樣性

5.beta多樣性

6.PCoA

7.機(jī)器學(xué)習(xí)

邏輯回歸

隨機(jī)森林

svm

五、報(bào)名辦法及費(fèi)用:

每人¥3980元(含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi))

團(tuán)隊(duì)報(bào)名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費(fèi)用)

所報(bào)名參加學(xué)員贈(zèng)送一個(gè)8G U盤(內(nèi)含上課所有使用軟件與課件資料)食宿可統(tǒng)一安排,費(fèi)用自理。

各單位人員報(bào)名參加,報(bào)名回執(zhí)表請(qǐng)回傳至?xí)⻊?wù)處即可。

如單位有內(nèi)訓(xùn)需求,請(qǐng)將內(nèi)訓(xùn)方案?jìng)髦習(xí)⻊?wù)組,根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進(jìn)行授課

六、頒發(fā)證書:

參加本次培訓(xùn)通過(guò)考試審核可獲得《生物信息工程師》結(jié)業(yè)證書。報(bào)道時(shí)攜帶兩張藍(lán)底1寸照片,一張身份證復(fù)印件交給現(xiàn)場(chǎng)會(huì)務(wù)老師。

七、聯(lián)系方式:

聯(lián)系電話/傳真: 010-5947 9271

聯(lián)系人:張琦    177 4456 9660

報(bào)名郵箱:zkcc_BIS@vip.163.com

會(huì)議附件:

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