醫(yī)學(xué)會議中心

會議日期	2019-06-27至 2019-06-30
會議地點	山東濟南
會議學(xué)科	科研/教育
主辦單位	中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
學(xué)分情況	國家級II類

近年來，隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展，特別是人類基因組計劃的實施，不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜，以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。生物信息學(xué)大量的使用計算機技術(shù)進行分析工作，這就要求技術(shù)人員熟悉多種分析軟件的使用方法及其在生物各領(lǐng)域的應(yīng)用技術(shù)。為進一步推動我國生物信息學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院在中國電子學(xué)會（國家專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地）的支持下舉辦此學(xué)習(xí)，并由北京中科潤開生物科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

一、主辦單位：

中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院

二、主講專家：

主講專家來自中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院、中科院等科研機構(gòu)的高級專家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗，長期從事生物信息領(lǐng)域項目研究，具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景

三、會議對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

四、報名須知：

A類：￥RMB：2900元/人，（包含報名費、會議費、資料費、證書費）食宿可統(tǒng)一安排，費用自理學(xué)員，經(jīng)會議考試合格后可以獲得：由北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院頒發(fā)的結(jié)業(yè)證書

B類：￥RMB：3200元/人，（包含報名費、會議費、資料費、證書費）會議結(jié)束經(jīng)考核合格，可獲得由中國電子學(xué)會頒發(fā)全國電子信息人才能力提升工程專業(yè)《數(shù)據(jù)分析工程師》技術(shù)證書，依據(jù)人力資源與社會保障部《國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地管理辦法》（人社廳發(fā)〔2013〕53號）的要求，本次學(xué)習(xí)情況可計入繼續(xù)教育學(xué)時并作為對專業(yè)技術(shù)人員考核評價、職稱評聘、聘用和執(zhí)業(yè)注冊的重要依據(jù)。須提交電子版彩色照片，身份證復(fù)印件。

請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加會議，各單位也可直接報名參加，報名回執(zhí)表請郵件發(fā)送至?xí)��?wù)處。

五、時間地點：

2019年6月27日—6月30日-分子標記的開發(fā)和系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)（濟南山東大學(xué)）

2019年7月19日——7月22日——宏基因組學(xué)與16S上機實操班（鄭州）

（時間安排：第1天報到，授課3天）

六、會務(wù)組：康老師18611605232（微信同號）Email：274260631@qq.com

七、課程內(nèi)容：

生物信息學(xué)技術(shù)會議-分子標記的開發(fā)和系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)

一、分子鑒定的應(yīng)用

1、微生物、動物、植物資源普查

2、檢驗檢疫

3、中藥材真?zhèn)舞b定

4、食品質(zhì)量安全

5、疾病診斷和預(yù)防

6、分子育種

二、

High-throughput-sequencing（HTS）原理簡介

1、第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理

2、第二代測序技術(shù)：Illumina，454，IonTorrent原理

3、第三代測序技術(shù)：PacBio，Hellicos原理

4、第四代測序技術(shù)：OxfordNanoPore原理

5、Hybridizationbasedmethods

6、測序技術(shù)的比較及展望

三、Sequence-dependent分子標記開發(fā)及應(yīng)用

1、常用的DNA條形碼標記：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等

2、常用DNA條形碼鑒定方法：sequencesimilarity-based（Blast，HiddenMarkovModel），tree-based，cutoff-based

3、篩選最優(yōu)DNA條形碼指標

（1）PCRamplificationsuccess

（2）Sequencingefficiency

（3）Speciesdistinguishingpower

（4）DNAbarcodinggap

4、DNAbarcoding相關(guān)數(shù)據(jù)庫

（1）BOLD：BarcodeofLifeDatabase

（2）BOMMD：BarcodeofMedicinalMaterialsDatabase

四、Chloroplast-dependent分子標記開發(fā)及應(yīng)用

測序方案：實驗方法純化還是生信方法純化

（2）組裝方法：denovovs.referencebased，ACRE，IOGA，NOVOPlasty，F(xiàn)ast-Plast，k-mer-based.

（3）注釋流程：CPGAVAS2，GeSeq，DOGMA，AGORA

（4）特異性標記篩選流程：ecoprimer

五、其他類型的分子標記開發(fā)與應(yīng)用

1、Ultra-conservedelement（UCE）

2、Low-copynuclear（LCN）loci：sondovac

3、從HTSdata中發(fā)現(xiàn)同源序列：OrthoFinder

4、從HTSdata中發(fā)現(xiàn)Intron-exonboundaries：MarkerMiner

5、Nuclear+organellardata：Hyb-Seq

6、transcriptome

7、SingleNuclearPolymorphicmarker

六、實驗部分

1、虛擬機的安裝及使用

2、linux

3、variousmappingmethods：bowtie2，samtools

4、variousgenomeassemblymethod：SPADES，NOVOPlasty

5、R，ggplot

微生物宏基因組學(xué)與16S上機實操班課程大綱

一、微生物基因組

1、微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

2、微生物基因組常用軟件介紹

2.1微生物基因組在線圈圖分析

2.2代謝通路分析（KEGG

2.3病原菌耐藥基因鑒定（CARD

2.4細菌基因組島鑒定（Islandviewer）

二、Linux系統(tǒng)操作簡介

2.1Linux簡史

2.2Linux與生物信息學(xué)

2.3Linux基本命令

2.4Linux基本操作綜合實踐

三、宏基因組學(xué)

1.16SrDNAAMPLICONSEQUENCING法

1.1.測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計

1.2.測序量及采樣建議

針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3.分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4.結(jié)果解析

1.4.1OTU聚類

1.4.2物種注釋

1.4.3物種分布情況

1.4.4樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage

Chao指數(shù)

ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richnessrarefaction曲線

1.4.5多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2.DSS（direct？shotgun？sequencing）法

2.1.分析流程

2.2.功能注釋分析

2.3.代謝途徑解析

四、R語言繪圖

1.1R語言基本介紹

1.2R語言基本運算、向量函數(shù)

1.3R語言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出

ggplot2基本繪圖（條形圖、散點圖、折線圖等）

五、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

1宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹

2宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義

3宏轉(zhuǎn)錄組研究方法

4宏轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容

5宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別

六、宏基因組學(xué)實踐應(yīng)用

1.筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2.針對16SrDNAampliconsequencing分析

2.1.虛擬機安裝：VirtualBox

2.2.16S分析運行環(huán)境搭建：QIIMEVirtualMachine

2.3.實例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預(yù)處理OTU聚類

物種注釋OTUtable生成

α多樣性分析序列比對

構(gòu)建進化樹β多樣性分析

3.針對shotgunsequencing分析（只做流程演示講解）

3.1.序列質(zhì)量控制：fastqc

3.2.序列拼接

3.3.基因預(yù)測及豐度分析

3.4.物種注釋

3.4.功能注釋

3.5.MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹