南京工業(yè)大學(xué)生物與制藥工程學(xué)院（簡稱“生工學(xué)院”）是國家生化工程技術(shù)研究中心和江蘇省工業(yè)生物技術(shù)創(chuàng)新中心的依托單位，是國家材料化學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和國家級生物化學(xué)工程實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心的共建單位。擁有化學(xué)工程與技術(shù)博士后流動(dòng)站；設(shè)有五個(gè)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)、五個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)和三個(gè)工程領(lǐng)域工程碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。生物化工學(xué)科是國家重點(diǎn)學(xué)科；發(fā)酵工程是江蘇省重點(diǎn)學(xué)科；工業(yè)生物技術(shù)與醫(yī)藥制造入選江蘇高校優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)工程項(xiàng)目。生物化工專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和國家級特色專業(yè)；制藥工程專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和教育部首批“卓越工程師培育計(jì)劃”試點(diǎn)專業(yè)；設(shè)有國際微生物能源研究所、醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理生物資源工程研究所、生物能源與生物環(huán)保工程研究所、生物醫(yī)藥工程研究所、生物物理與化學(xué)合成研究所等科研機(jī)構(gòu)。學(xué)院低碳能源實(shí)驗(yàn)室和生物基材料實(shí)驗(yàn)室的工作受到了溫家寶總理的視察和肯定。