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復旦大學藥學院下設：藥學學科（一級），其包含藥物化學學科（天然藥物化學、藥物化學、生物合成藥物化學、生藥學）、藥劑學科（藥劑學、放射藥學、藥物分析、物理化學）、藥理學科（藥理學、生物化學）、臨床藥學學科（臨床藥學、藥事管理學）等4個二級學科；本科藥學實驗教學中心；儀器測試中心；動物實驗中心；《中國臨床藥學雜志》社。
復旦大學藥學學科擁有一級學科博士學位授予權，并設有一級學科博士后流動站；二級學科博士點5個（藥物化學、生藥學、藥劑學、藥理學、生物化學）；二級學科碩士點6個（藥物化學醫(yī)學|教育網搜集整理、生藥學、藥劑學、藥理學、生物化學、藥物分析），國家重點學科（藥劑學）、上海市重點學科（藥理學）。
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