南京藥學會是由南京地區(qū)藥學科學技術工作者自愿組成依法登記成立的學術性、公益性、非盈利性的法人社會團體，是黨和政府聯(lián)系南京地區(qū)藥學科學技術工作者的橋梁和紐帶，是推動南京地區(qū)藥學科學技術和醫(yī)藥事業(yè)健康發(fā)展，為公共健康服務的重要力量。學會下設秘書處、工作委員會、專業(yè)委員會。

南京藥學會的宗旨是堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發(fā)展觀。堅持科學技術是第一生產力的思想，團結和組織廣大藥學科學技術工作者，實施科教興國和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，促進藥學科學技術的普及、繁榮和發(fā)展，促進藥學人才的成長和提高，促進藥學科學技術與經濟的結合，醫(yī)學|教育網搜集整理為我國社會主義現(xiàn)代化建設服務，為構建社會主義和諧社會服務。維護藥學科學技術工作者的合法權益，為會員和藥學科學技術工作者服務。