長海醫(yī)院藥學部是國家重點學科（藥理學）、國家衛(wèi)生部臨床藥師培訓基地、國家中醫(yī)藥局三級實驗室、國家藥物臨床試驗機構和全軍臨床藥理基地、全軍臨床藥學中心，也是長海醫(yī)院的重點建設學科。現有專業(yè)技術人員160余人，具有正高級職稱4人，副高級職稱11人，博士生導師2人，碩士生導師4人。近年來承擔了國家、軍隊、上海市等基金項目總金額累計600余萬元，獲得國家科技成果三等獎1項、軍隊科技進步和醫(yī)療成果二等獎5項，以及其他軍隊和省級部級以上成果獎勵26項。獲國家新藥證書2項，獲國家專利授權11項。藥學部也是第二軍醫(yī)大學基層建設標兵單位和學習貫徹“三個代表”重要思想先進單位，黨支部連續(xù)11年分別被評為總后勤部、醫(yī)學|教育網搜集整理第二軍醫(yī)大學和醫(yī)院的先進黨支部，團支部獲得全國“五四”紅旗團支部榮譽稱號。2006年獲中國醫(yī)院協(xié)會頒發(fā)的“中國醫(yī)院先聲杯藥事管理優(yōu)秀獎”和解放軍總后勤頒發(fā)的“全軍藥材工作先進單位”獎牌。