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南京中醫(yī)藥大學藥學院始建于1960年，其前身為南京中醫(yī)學院中藥系，是全國創(chuàng)建最早的中藥高等教育院（系）之一。1995年更名為南京中醫(yī)藥大學中藥學院，2000年更名為南京中醫(yī)藥大學藥學院。2009年南京中醫(yī)藥大學中醫(yī)藥研究院與藥學院合并，發(fā)展至今。
藥學院經(jīng)過50多年的建設，在師資隊伍、辦學條件、教學及科學研究等各方面都取得了較快的發(fā)展�，F(xiàn)設有中藥學、藥學、藥理學3個學系；實驗教學和分析測試2個中心醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理；下設27個教研室（實驗室），以及院所合一的“藥物研究所”和“新藥研究中心”；2010年還以校企聯(lián)盟的形式與江蘇康緣藥業(yè)股份有限公司合作共同創(chuàng)建“康緣中藥學院”。
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