南京中醫(yī)藥大學檔案館是全國最早成立的中醫(yī)院校檔案館之一。其前身為學校綜合檔案室，2006年3月升格為副處級機構，并更名檔案館，掛靠校長辦公室。現(xiàn)為江蘇省一級檔案館，曾先后被評為省級機關檔案工作先進集體、省高校檔案工作先進集體，連續(xù)五年被評為省級機關（單位）檔案工作年檢優(yōu)秀單位。

檔案館是永久保管學校檔案的基地，也是編纂、醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理研發(fā)和利用檔案資源的中心，對全校檔案工作統(tǒng)籌規(guī)劃、宏觀指導并業(yè)務管轄。校長親自兼任檔案工作委員會主任，并將委員會辦公室設在檔案館；三級工作網(wǎng)絡覆蓋到全校各部門、院系。大力宣傳檔案工作，增強全校師生員工的法制意識，建立了完備的規(guī)章制度。做到檔案經(jīng)費獨立預算、�？顚Ｓ�。由10名專職人員（其中2名為副研究館員）、47名兼職人員組成的檔案工作隊伍，定期開展業(yè)務培訓和自查互評，形成了高素質的團隊。