南京市第二醫(yī)院于1996年6月由原南京市鐘阜醫(yī)院與南京市傳染病醫(yī)院合并組成。現(xiàn)為江蘇省唯一的三級傳染病醫(yī)院，同時是東南大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院，南京大學醫(yī)學院 、南京醫(yī)科大學教學醫(yī)院，江蘇大學醫(yī)學院檢驗系教學基地，徐州醫(yī)學院碩士生培養(yǎng)點。醫(yī)院分設(shè)鐘阜部（院機關(guān)所在地）和紫竹林部。占地共8萬平方米，建筑面積5萬多平方米，院內(nèi)樹木蔥蘢，百花爭艷，環(huán)境優(yōu)美，是一座典型的花園式醫(yī)院。

醫(yī)院現(xiàn)有職工746人，衛(wèi)技人員占75%，中級人員179人，高級專家兼職教授共63人。核定600張床位，分設(shè)16個病區(qū)。其中鐘阜部10個病區(qū)380張床位，主要收治各種法定傳染病和感染性疾病。設(shè)立肝病內(nèi)科、外科、婦產(chǎn)科、兒科、傳染雜病科、中西結(jié)合科、麻醉科等臨床科室。醫(yī)'學教育網(wǎng)|整理門診部設(shè)有相應(yīng)的�？萍皩＜姨厣�門診。紫竹林部設(shè)6個病區(qū)220張床位，主要收治腫瘤內(nèi)科、外科、老年病科以及社會區(qū)服務(wù)部。其門診部除設(shè)有相應(yīng)的�？仆猓�還設(shè)有動、寵物咬傷防疫門診，性病門診等。（現(xiàn)階段還保留傳染病應(yīng)急門診）

醫(yī)院擁有多種先進的醫(yī)療設(shè)備，主要有CX—5大型全自動生化分析儀、特定蛋白分析儀、血氣分析儀、奧林巴斯胃鏡、西門子全身CT、帶電視系統(tǒng)的德國產(chǎn)800 mAX光機、美國產(chǎn)惠普彩超、鈷60治療機、X線模擬定位儀、腔內(nèi)后裝治療機、美國雅培肝炎診斷試劑及與此配套的自動化酶標儀等，可對各種疾病進行準確的檢測和診斷。

醫(yī)院十分重視醫(yī)德醫(yī)風建設(shè)，多次榮獲：全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體、江蘇省文明單位、南京市文明單位、省行風先進單位。且連續(xù)奪得市十屆白求恩杯競賽綜合大獎第一名。