南京中醫(yī)藥大學第一臨床醫(yī)學院原名南京中醫(yī)學院中醫(yī)系，成立于1958年，1984年由原中醫(yī)系中醫(yī)臨床部分和原西基部西醫(yī)臨床部分重組成新的中醫(yī)系。1995年更名為南京中醫(yī)藥大學第一臨床醫(yī)學院，2001年將原中醫(yī)研究院急難癥研究室并入，又稱為臨床醫(yī)學研究所。

長期以來，在校黨政領導的領導下，在全體教職工的共同努力下，學院得到了長足的發(fā)展。第一臨床醫(yī)學院現(xiàn)設有中醫(yī)內(nèi)科學教研室（中醫(yī)內(nèi)科學研究所）、中醫(yī)急難癥研究所（內(nèi)科難治病瘀熱病機重點研究室）、中醫(yī)外科學教研室（中醫(yī)皮膚病學、中醫(yī)肛腸病學、男科學研究所）、中醫(yī)婦科學教研室、中醫(yī)兒科學教研室（中醫(yī)兒科學研究所）、中醫(yī)骨傷科學教研室（中醫(yī)骨傷科學研究所）、中醫(yī)眼科學教研室、中醫(yī)耳鼻喉科學教研室、外科學教研室、內(nèi)科學教研室（中西醫(yī)結(jié)合臨床研究室）、診斷學教研室、醫(yī)學影像學教研室、全科醫(yī)學教研室、教學實驗中心（大學生急救訓練中心）、臨床醫(yī)學實驗研究中心共15個教研室和研究所、中心，并有1個為教學、科研服務的百草堂中醫(yī)門診部。除此之外還有中醫(yī)藥抗腫瘤研究所掛靠于中醫(yī)內(nèi)科學教研室，周仲瑛名醫(yī)工作室掛靠于中醫(yī)急難癥研究所。