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北京大學(xué)藥學(xué)院始建于1941年引，原名為北京大學(xué)中藥研究所，1943年以此為基礎(chǔ)建立了北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系，設(shè)本草專業(yè)和制藥專業(yè)；1952年醫(yī)學(xué)院獨(dú)立建院，隨之改名為北京醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系，設(shè)藥學(xué)、藥物化學(xué)、應(yīng)用化學(xué)（醫(yī)藥）三個(gè)專業(yè)；1985年隨學(xué)校更名為北京醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院，設(shè)藥學(xué)、藥物化學(xué)、藥理學(xué)三個(gè)專業(yè)。2000年4月原北京醫(yī)科大學(xué)和北京大學(xué)合并組建新的北京大學(xué)，隨之更名為北京大學(xué)藥學(xué)院。

至今藥學(xué)院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國科學(xué)院院士，樓之岑教授為中國工程院院士醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)整理。

藥學(xué)院現(xiàn)有在職職工194名，其中教授35名、副教授39名，中國科學(xué)院院士2名，“長江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃”特聘教授1名，杰出青年基金獲得者5名，教育部跨世紀(jì)（新世紀(jì)）人才3名，教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個(gè)；全國優(yōu)秀教師1名，北京市教學(xué)名師1名，北京市優(yōu)秀教師8名，博士生導(dǎo)師27名、碩士生導(dǎo)師41名，具有博士學(xué)位的教師61名，占專任教師總數(shù)的50.4%，具有碩士學(xué)位的教師42名，占專任教師總數(shù)的34.7%.