上海復旦大學藥學院創(chuàng)建于1936年，是我國辦學歷史悠久、學科齊全、師資力量雄厚的著名藥學院校之一。創(chuàng)立初期名為國立上海醫(yī)學院藥學專修科，繼后分別更名為國立上海醫(yī)學院藥科、國立上海醫(yī)學院藥學院、上海第一醫(yī)學院藥學系、上海醫(yī)科大學藥學院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學與復旦大學合并，遂定名為復旦大學藥學院。復旦大學藥學院為國家首批博士學位授予單位并在1998年獲得藥學一級學科博士學位授予權(quán)，1999年建立藥學一級學科博士后流動站，2002年與生命科學學院聯(lián)合設(shè)立了國家生命科學與技術(shù)人才培養(yǎng)基地—生物醫(yī)藥點，2007年藥劑學科被遴選為國家重點學科，藥理學科被遴選為上海市重點學科。目前是全國高等醫(yī)學教育學會藥學教育研究分會副理事長單位。

藥學院下設(shè)藥物化學學科、藥劑學學科、藥理學學科和臨床藥學學科四大學科群，其中：藥物化學學科群主要由合成藥物化學、生物合成藥物化學、天然藥物化學和生藥學組成；藥劑學學科群主要由藥劑學、物理化學、放射藥學、藥物分析學組成；藥理學學科群主要由藥理學和生物化學組成；臨床藥學學科群主要由臨床藥學和藥事管理學組成。擁有一個本科實驗教學中心、七個技術(shù)支撐平臺（國家重大創(chuàng)制新藥專項綜合性大平臺醫(yī)學教育網(wǎng)編輯整|理、抗病毒藥物篩選與藥效評估技術(shù)平臺、新制劑與新釋藥系統(tǒng)技術(shù)平臺、GLP實驗動物中心和儀器測試中心、國家中醫(yī)藥管理局中藥制劑和中藥生藥分析三級實驗室）、衛(wèi)生部上海市臨床藥學研究與培訓中心、《中國臨床藥學雜志》社�，F(xiàn)有教職員工134人，其中正高職稱教師（教授、研究員）23人，副高職稱教師（副教授、副研究員）27人。其中，博士生導師23名、碩士生導師25名。

藥學院作為復旦大學藥學學科的主體，學校給予了重點建設(shè)。在“985”一、二、三期和“211”三期建設(shè)中，藥學院在科研支撐條件、人才和整體科研實力方面均有顯著提高。引進‘’特聘教授（3人）等一批優(yōu)秀人才。近年來，藥學院在教學、科研和新藥研發(fā)領(lǐng)域發(fā)展勢頭強勁，取得了“國家重點學科”、“國家教學成果二等獎”、“全國百篇優(yōu)秀博士論文”、“國家精品課程”、“國家重大創(chuàng)制新藥綜合性大平臺、單元平臺、關(guān)鍵技術(shù)和侯選藥物”、“國家重大科學研究計劃項目（973）的首席科學家（2位）”、“國家自然基金委杰出青年基金（2項）”等國家級重大項目/成果。近期，又獲得教育部和總后智能化給藥重點實驗室的建設(shè)立項。學院的國內(nèi)外交流與合作活躍，成為復旦大學14個進入ESI學科之一。學院教授開始在國際重要學術(shù)期刊上擔任副主編和編委，我院的國際影響力逐年提升。

藥學院已于2009年初整體搬遷張江新址，地處“中國藥谷”，迎來了學院建設(shè)的快速發(fā)展和再次騰飛的新機遇！