為有著三維立體結構的生態(tài)系，不同生物量的細菌群體被獲得性薄膜和胞外基質包裹著，內部為豐富的大小不等的水性通道所間隔，通道內有液體流動。細菌群體內部幾乎無氧，為厭氧生存，而各層水性通道內則發(fā)現有效濃度的溶解氧，鄰近水性通道的細菌為需氧生存，這使同一生物膜內的不同細菌能和諧地一起生活。

　　該結構可給菌斑生物膜內不同細菌輸送營養(yǎng)物質、清除代謝廢物，使細菌發(fā)揮各自的致病作用，是不同細菌共同獲益的途徑。菌斑生物膜具較強的抵抗力，高黏度的基質具有屏障作用，可耐受干燥。抵抗宿主防御成分或藥物滲入，使菌斑對抗菌藥物的敏感性降低，還可抵抗流水沖刷。