前邊所有的一切過程，主要的目的就是為了保證微生物檢驗結果的準確性和可靠性。要保證這一點，微生物實驗室必須建立質(zhì)量控制體系，充分考慮到影響檢驗結果的因素并加以控制，可提高微生物檢驗工作的質(zhì)量。而且有質(zhì)量保證的樣品是獲得正確檢驗結果的基礎。雖然樣品種類繁多，但不同品種的樣品都要按照國家規(guī)定的標準方法進行采樣，每個樣品要登記并注明名稱、數(shù)量、批號、采樣日期等。不同的樣品要采用不同的運輸和保存方法，防止樣品在運輸和保存過程中微生物數(shù)量的改變。微生物實驗室可根據(jù)各自情況參照國際食品規(guī)格委員會（ICMSF）推薦的食品采樣方法和標準建立可靠的質(zhì)量評價方法以保證樣品合格。

　　購置培養(yǎng)基和試劑時要求供應商提供產(chǎn)品質(zhì)控證書，盡量選擇通過ISO9001的生產(chǎn)廠家購買。醫(yī)學教育`網(wǎng)搜集整理培養(yǎng)基和試劑使用前首先通過外觀、批號、pH值、滅菌要求、選擇性等進行初步評估，還要用陽性對照菌株做質(zhì)控，按照培養(yǎng)基和試劑標簽說明的貯藏條件保存，不同批號的培養(yǎng)基和試劑不要混合使用。自配的染液每周必做質(zhì)控。如果有條件可參照國際食品微生物與食品衛(wèi)生委員會（ICFMH）提供的關于培養(yǎng)基質(zhì)控方法進行質(zhì)控。