細菌的新陳代謝是指菌細胞內分解代謝與合成代謝的總和。分解代謝是底物分解和轉化為能量的過程；合成代謝是指所產生的能量用于細胞組分的合成過程。

　　細菌合成細胞組分和獲得能量的基質（生物氧化的底物）主要為糖類，通過糖的氧化或酵解釋放能量，并以高能磷酸鍵的形式（ADP、ATP）儲存能量。生物體能量代謝的基本生化反應是生物氧化。生物氧化的方式包括加氧、脫氫和脫電子反應，細菌則以脫氫或氫的傳遞更為常見。

　　以有機物為受氫體的稱為發(fā)酵；以無機物為受氫體的稱為呼吸，其中以分子氧為受氫體的是需氧呼吸，以其他無機物（硝酸鹽、硫酸鹽等）為受氫體的是厭氧呼吸。

　　發(fā)酵是大多數(shù)細菌共有的基本代謝途徑，專性厭氧菌產能的惟一途徑。反應最終的受氫體為未徹底氧化的中間代謝產物，產生能量遠比需氧呼吸少。1分子葡萄糖可生成2分子丙酮酸，產生2分子ATP和2分子NADH+H+.需氧呼吸將1分子葡萄糖在有氧條件下徹底氧化，生成C02、H2O，并產生38分子ATP.需氧呼吸中，葡萄糖經過糖酵解途徑生成丙酮酸，后者脫羧產生乙酰輔酶A后進入三羧酸循環(huán)徹底氧化。然后將脫出的氫進入電子傳遞鏈進行氧化磷酸化，最終以分子氧作為受氫體。需氧菌和兼性厭氧菌進行需氧呼吸。 醫(yī)學教育網收集*整理

　　厭氧呼吸是專性厭氧菌在沒有需氧電子傳遞鏈和完整的三羧酸循環(huán)的條件下，將1分子葡萄糖經厭氧糖酵解只能產生2分子ATP，最終以外源的無機氧化物（C0、SO42-、N0-）3作為受氫體的一類產能效率低的特殊呼吸。