我國(guó)近代微生物學(xué)的啟蒙時(shí)期是在十九世紀(jì)末。西方和日本學(xué)者對(duì)我國(guó)微生物學(xué)的早期發(fā)展曾起過重要作用。十九世紀(jì)80年代出版的一篇題為“人與微生物爭(zhēng)戰(zhàn)論”的講演記錄的譯文，文中談到疾病由“極細(xì)微之生物所成”，可能這是近代微生物學(xué)由西方傳入中國(guó)的最早文字記載。20世紀(jì)初，西方學(xué)者開始在我國(guó)的一些研究所從事醫(yī)學(xué)微生物學(xué)的研究，在一些高等院校開設(shè)有關(guān)課程，一批日本學(xué)者開始對(duì)我國(guó)的發(fā)酵產(chǎn)品，特別是我國(guó)酒曲微生物進(jìn)行了較系統(tǒng)的研究。同時(shí)，一批到西方留學(xué)的中國(guó)科學(xué)家開始較系統(tǒng)地介紹微生物學(xué)知識(shí)。中國(guó)學(xué)者從事實(shí)際研究工作的，當(dāng)首推伍連德，他在1910-1921年間用近代微生物學(xué)知識(shí)對(duì)鼠疫和霍亂病原的探索和防治，并總結(jié)了鼠疫流行的基本規(guī)律，提出了檢疫措施，在中國(guó)最早建立了衛(wèi)生防疫機(jī)構(gòu)，培養(yǎng)了第一支預(yù)防鼠疫的專業(yè)隊(duì)伍，在當(dāng)時(shí)，這項(xiàng)工作居于國(guó)際領(lǐng)先地位，在國(guó)際上產(chǎn)生了很大的影響。30年代，我國(guó)學(xué)者開始對(duì)醫(yī)學(xué)微生物學(xué)有了較多的實(shí)驗(yàn)研究，主要是在湖南湘雅醫(yī)學(xué)院和北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的細(xì)菌學(xué)系進(jìn)行的，在那里培養(yǎng)了我國(guó)第一批醫(yī)學(xué)微生物學(xué)家，如余賀、湯飛凡、謝少文、魏曦等，在醫(yī)學(xué)細(xì)菌學(xué)、病毒學(xué)和免疫學(xué)等方面的個(gè)別領(lǐng)域做出過較高水平的成績(jī)。魏巖壽是我國(guó)近代開始從事非醫(yī)學(xué)微生物的應(yīng)用微生物學(xué)研究的先驅(qū)。當(dāng)時(shí)的實(shí)業(yè)部南京中央工業(yè)試驗(yàn)所和黃?；瘜W(xué)工業(yè)社分別設(shè)立了釀造研究室和菌學(xué)研究室，在我國(guó)工業(yè)微生物學(xué)的早期發(fā)展中起了重要的作用。1922年戴芳瀾等開始在我國(guó)介紹植物病害微生物，到30年代，張憲武、陳華癸等對(duì)土壤微生物，特別是根瘤菌固氮作用的研究，是我國(guó)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)研究的開始。不過，直到20世紀(jì)40年代后期，我國(guó)的微生物學(xué)研究和應(yīng)用只有零星的工作，未形成我國(guó)自己的隊(duì)伍和研究體系醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　新中國(guó)成立后的第一個(gè)十年，微生物學(xué)在我國(guó)有了劃時(shí)代的發(fā)展。一批主要進(jìn)行微生物學(xué)研究的單位建立起來(lái)了，抗生素、酒精廠等現(xiàn)代微生物工業(yè)在我國(guó)的誕生向微生物學(xué)工作者提供了展示才能的機(jī)會(huì)，一些重點(diǎn)大學(xué)建立了微生物學(xué)專業(yè)，開始有計(jì)劃地培養(yǎng)微生物學(xué)工作者。在這十年中，選育了一批優(yōu)良菌種，促進(jìn)了醫(yī)藥工業(yè)和發(fā)酵工業(yè)的發(fā)展，獲得了一些新抗生素以防治人的疾病和動(dòng)植物的病害，大量培植和推廣了根瘤菌、好氧性固氮菌和分解有機(jī)磷細(xì)菌，開展了利用微生物勘探石油的工作。在控制有害微生物方面，研究了傳染病的流行規(guī)律，研制出多種疫苗，尤其是湯飛凡等分離并確證了沙眼病原體，是具有國(guó)際領(lǐng)先水平的開創(chuàng)性工作。在農(nóng)業(yè)微生物學(xué)領(lǐng)域，研究了主要農(nóng)作物及家畜家禽和養(yǎng)殖魚類的病害及防治對(duì)策，還進(jìn)行了工業(yè)原料防霉的研究。60年代，根據(jù)國(guó)家12年科學(xué)發(fā)展規(guī)劃，進(jìn)行了許多理論性研究的初步工作，現(xiàn)代化的發(fā)酵工業(yè)、抗生素工業(yè)和農(nóng)藥、菌肥工業(yè)已經(jīng)形成一定規(guī)模。在70年代國(guó)內(nèi)政治氣候非常不正常的年代，曾經(jīng)在全國(guó)出現(xiàn)過一個(gè)應(yīng)用微生物的熱潮。農(nóng)村中大力推廣發(fā)酵飼料、菌肥、植物生長(zhǎng)刺激素、沼氣發(fā)酵和食用菌栽培；在食品、皮革、紡織、造紙等工業(yè)部門推廣微生物酶制劑，味精工業(yè)在此期間建立起來(lái)并得到較大發(fā)展，抗生素工業(yè)也有了大發(fā)展。用石油原料發(fā)酵生產(chǎn)工業(yè)產(chǎn)品也在這一時(shí)期進(jìn)行過研究。雖然當(dāng)時(shí)受到極“左”思想的嚴(yán)重影響，出現(xiàn)過許多違背科學(xué)的荒唐做法，但客觀上使廣大群眾對(duì)微生物與人類的關(guān)系有了較全面的認(rèn)識(shí)，而且廣大群眾在微生物育種和培養(yǎng)等方面有過一些創(chuàng)造。許多研究微生物的機(jī)構(gòu)在此時(shí)建立起來(lái)了，不過多數(shù)只從事簡(jiǎn)單的應(yīng)用性技術(shù)工作。

　　改革開放的20年中，我國(guó)的微生物學(xué)和其它科學(xué)一樣，進(jìn)入了一個(gè)全面發(fā)展的新時(shí)期。為迎接新世紀(jì)的到來(lái)，本著有所為有所不為的原則，我們?cè)谖⑸镔Y源的調(diào)查和開發(fā)、微生物次生代謝的研究、微生物與植物相互作用的研究、微生物致病與免疫機(jī)理的研究以及病毒的結(jié)構(gòu)、功能及與宿主關(guān)系的研究作為當(dāng)前的重點(diǎn)課題。隨著創(chuàng)新工程的逐步推進(jìn)，我國(guó)的微生物學(xué)將會(huì)有較大的發(fā)展。