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多肽鏈的氨基酸組成往往是比較復雜，因此直接分析多肽的氨基酸順序還是很困難的，多采用將多肽鏈進一步降解成為更小的片段，然后再行分析。肽鍵的裂解是一級結構研究工作中的重要問題，它要求裂解點少，選擇性強，而且反應產(chǎn)率高，目前主要有化學法和酶解法兩類。

1、化學法

（1）溴化氰法是最理想的化學方法，能選擇性斷裂甲硫氨酸所在的肽鍵

溴化氫化學降解法其優(yōu)點：

①一般蛋白質含甲硫氨酸較少，由此可獲得大片段

②專一性強

③產(chǎn)率高達80%以上

④作用條件溫和，在室溫中用幾到十幾小時即可。

（2）部分酸水解法

Sanger在分析胰島素的一級結構中采用了此法，即用0.1N鹽酸在110℃或用6N鹽酸在37℃水解。這種部分酸水解的方法特異性不強，因此對大片段的蛋白質和肽均不合適。

（3）羥胺法

這種方法近十年來開始受人注意，羥胺能專一性地裂解Asn�睪ly的肽鍵，酸性條件下裂解Asn-Pro肽鍵。已用于某些蛋白質的分析。

（4）N-溴代琥珀酰亞胺法

主要裂解Try處的肽鍵，五十年代研究較多。但由于它也能斷裂Tyr�睭is肽鍵，因此應用不廣。

2、酶解法

酶水解法較化學法具有更多的優(yōu)越性，使用也更廣泛。因其具有較高專一性，而且水解產(chǎn)率較高，所以可以選擇各種不同專一性的酶進行專一性的斷裂。

常用的酶有胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和嗜熱菌蛋白酶。

胰蛋白酶專一斷裂Lys，Arg的羧基側肽鍵，如果對Lys，Arg，CysH進行化學修飾可改變胰蛋白酶的斷裂性質。

（1）賴氨酸的修飾。將Lys用順丁烯二酸酐或甲基順丁烯二酸桿修飾，則胰蛋白酶僅使Arg肽鍵斷裂。

順丁烯衍生物在中性pH下穩(wěn)定，胰蛋白酶水解僅使Arg鍵斷裂。在酸性條件下順丁烯衍生物可脫去封閉，此時再行胰蛋白酶水解，則得賴氨酸為末端的多肽。下述為蛋白質中的賴氨酸，經(jīng)順丁烯�；�作用后，被胰蛋白酶水解的例子。

（2）精氨酸的修飾。精氨酸與1，2-和1，3-二羰化合物作用，縮合產(chǎn)物是一雜環(huán)化合物，十分穩(wěn)定。然后胰酶水解僅斷裂賴氨酸殘基末端的肽鍵

（3）半胱氨酸的修飾。若肽鏈內Lys、Arg均較少，則為了增加胰酶的裂解點，可以將半胱氨酸進行氨乙基化，其產(chǎn)物氨乙基半胱氨酸有類似Lys的結構，胰蛋白酶在水解時，不能識別這微細的變化，從而在半胱氨酸處斷裂。