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微小RNA的人體之旅

2012-09-06 13:42  來源:醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)    打印 | 收藏 |
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  研究人員估計,在哺乳動物的基因中,約有30%左右的編碼蛋白質(zhì)的基因受到微小RNA的調(diào)控。

  植物中所含微小RNA能夠通過消化道進(jìn)入人體血液和器官組織,然后通過調(diào)控靶基因表達(dá)的方式,影響人的生理功能。這意味著日常飲食可以直接影響人體內(nèi)的基因表達(dá)。

  2007年的一天,正在南京大學(xué)讀博的陳熹被導(dǎo)師布置了一個實驗,去檢測人的血清中是否含有微小核糖核酸(microRNA)。陳熹當(dāng)時就認(rèn)為導(dǎo)師瘋了,因為這完全違背了他所學(xué)到的生物學(xué)常識:人的血清中含有許多RNA的降解酶,因而不可能有完整的RNA存在,至多只是一些碎片。他在師弟師妹面前把自己的導(dǎo)師“批判”了一番,然后就把這個任務(wù)扔在了一邊。

  直到兩個星期后的一個早晨,陳熹的導(dǎo)師張辰宇堵到了他,再次要求他去做這個實驗。陳熹回避不開,只好去做。結(jié)果這個實驗一做,陳熹變得比他的導(dǎo)師都更瘋狂了,曾經(jīng)連續(xù)三天三夜泡在實驗室里。他得到了一些令人難以置信的結(jié)果。

  他們最新的一項研究發(fā)表在近期的《細(xì)胞研究》上,這項研究發(fā)現(xiàn),植物所含有的微小RNA能夠通過消化道進(jìn)入人體血液和器官組織,然后通過調(diào)控人體內(nèi)靶基因表達(dá)的方式,影響人的生理功能。他們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了至少一種情況,微小RNA能夠通過這種方式影響人體健康:進(jìn)食過多的大米會增加患代謝紊亂綜合征的可能。這倒令人想起孫悟空變成一只小蟲子鉆進(jìn)鐵扇公主肚子的故事,盡管最后的結(jié)果與肚子疼無關(guān)。

  這樣的一個發(fā)現(xiàn)引起了許多生物學(xué)研究者的極大興趣。同樣研究微小RNA的美國俄亥俄州立大學(xué)的克萊。馬什(Clay Marsh)教授認(rèn)為張辰宇等人的這項工作“非常令人激動”,它表明我們?nèi)粘5娘嬍衬軌蛑苯佑绊戵w內(nèi)的基因表達(dá)。

  用南京大學(xué)張辰宇教授的話來說,這項發(fā)現(xiàn)為中國諸如“吃什么補(bǔ)什么”、“一方水土養(yǎng)一方人”這些俗話提供了科學(xué)上的注腳。

  微小RNA與人體疾病

  科學(xué)家發(fā)現(xiàn)微小RNA并不是很久之前的事情。1993年,哈佛大學(xué)的羅莎琳德。李(Rosalind Lee)等人在《細(xì)胞》雜志上發(fā)表論文,稱在線蟲中發(fā)現(xiàn)了控制幼蟲發(fā)育的“lin-4基因”所編碼產(chǎn)生的短小RNA,這種RNA可以與lin-14基因產(chǎn)生的mRNA結(jié)合,并抑制它的功能,使它無法被翻譯,最終控制LIN-14蛋白質(zhì)的產(chǎn)生。這是人們首次發(fā)現(xiàn)微小RNA對于生物體基因表達(dá)的調(diào)節(jié)作用。

  微小RNA是一種由19-24個核苷酸組成的非編碼RNA,它不能被翻譯并最終生成蛋白質(zhì),而是一種在進(jìn)化上比較保守的“基因調(diào)控者”。

  在過去的10年里,微小RNA的研究已經(jīng)成為了一個熱點。僅僅是在2000年到2003年的短短三年時間里,研究人員就陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了微小RNA的以下功能:控制細(xì)胞的增殖、凋亡;調(diào)節(jié)蒼蠅的脂肪代謝;調(diào)節(jié)哺乳動物造血系統(tǒng)功能;控制植物葉與花的發(fā)育等。而據(jù)計算機(jī)模擬推測的結(jié)果,以上這些可能只是微小RNA所具備的功能的冰山之一角。研究人員估計,在哺乳動物的基因中,約有30%左右的編碼蛋白質(zhì)的基因受到微小RNA的調(diào)控。

  2002年,美國《科學(xué)》雜志把微小RNA的研究評為了當(dāng)年的“年度重大突破”。到2005年,研究人員已經(jīng)在人體中發(fā)現(xiàn)了兩百多種微小RNA.并且,人們也逐漸認(rèn)識到,微小RNA可以調(diào)控腫瘤的形成,可以與慢性淋巴細(xì)胞性白血病有關(guān),還可能與人類老年癡呆癥和某些中樞神經(jīng)功能紊亂有關(guān)。

  小片段的大作用

  張辰宇的研究就是從這里開始的。當(dāng)時人們已經(jīng)知道了微小RNA與腫瘤形成有關(guān),張辰宇于是想到,是否有可能把微小RNA作為一種標(biāo)記物來診斷腫瘤。在腫瘤的早期診斷中,如果能在血清中發(fā)現(xiàn)微小RNA的話,那么它就有可能成為無創(chuàng)傷性的新的生物標(biāo)記物。這就是為什么他會想到讓陳熹去做那個“瘋狂”的實驗。

  在實驗中,張辰宇瘋狂的念頭不但被證實了,而且微小RNA就像是指紋一樣,在血清中的不同組合對應(yīng)于不同的疾病。“這種組合可以早期診斷各種疾病。”張辰宇說,“現(xiàn)在很多疾病分亞型,判斷疾病的復(fù)發(fā),判斷死亡率,還有個體化治療,微小RNA都可以提供幫助。”

  2008年9月初,張辰宇等人在《細(xì)胞研究》上發(fā)表了他們的研究結(jié)果。幾乎在同一時間,一個以色列的研究組和一個美國的研究組也分別獨立發(fā)表了相同結(jié)論的文章。三者相互印證。

  不過,新的發(fā)現(xiàn)也帶來了一個新的疑問:血清中的這些微小RNA是從哪里來的?它們是從破碎的細(xì)胞里出來的呢,還是完整的細(xì)胞能夠分泌出微小RNA?張辰宇從他的研究領(lǐng)域——內(nèi)分泌代謝——出發(fā),認(rèn)為是從細(xì)胞中分泌的。但究竟是以何種方式分泌出來,比如是直接分泌還是通過某種載體,他仍不得頭緒。

  一次偶然的機(jī)會,張辰宇在上海參加一次學(xué)術(shù)會議的過程中,聽到了一個新的概念——微小囊泡。他感到茅塞頓開,夜里11點半打電話給他的合作者、南京大學(xué)的曾科教授:“是不是微小囊泡就是那個載體?”曾科聽到這話也激動起來,微小囊泡正屬于他的研究領(lǐng)域,他當(dāng)下就認(rèn)為他們可以立即做實驗驗證。

  第二天,張辰宇還沒有回到南京,陳熹就已經(jīng)接到電話開始離心提取微小囊泡了。張辰宇回到實驗室的時候,曾科和陳熹都在那里等著他,他們告訴張辰宇,微小囊泡提取出來了,做了分析,含有很多的微小RNA.

  一個一個的點開始連接成線。所有的細(xì)胞,首先能夠選擇性地把特定的微小RNA包裹到微小囊泡中去,當(dāng)細(xì)胞受到刺激的時候,細(xì)胞就會把這些包含微小RNA的微小囊泡分泌到循環(huán)系統(tǒng)中,或者是細(xì)胞外。

  然后,這些微小囊泡能夠把微小RNA再運(yùn)送到靶細(xì)胞內(nèi),釋放出微小RNA,作用于靶細(xì)胞內(nèi)的微小RNA的靶基因,從而調(diào)控靶細(xì)胞的生理學(xué)或生物學(xué)功能及狀態(tài)。

  “我們發(fā)現(xiàn)了細(xì)胞能夠分泌微小RNA,把已知的細(xì)胞間的信號傳導(dǎo)機(jī)制從‘固定電話’變成了‘手機(jī)’。”張辰宇形容說,“原來是特定的細(xì)胞能夠分泌一些激素或者細(xì)胞因子,特定細(xì)胞有受體再接受,現(xiàn)在變成是所有的細(xì)胞都有這個能力分泌,只要受到刺激。”

  “相信我,今后的五年十年,這個會變得特別地?zé),在血清中發(fā)現(xiàn)微小RNA會變成教科書上每一個疾病的診斷信息之一。”張辰宇說,“比如說Ⅱ型糖尿病的某一個亞型,它的微小RNA是怎么樣的……”

  吃下的不僅僅是米

  但故事還沒有結(jié)束,更令人驚訝的事情在后面。

  他們在分析微小RNA的時候做了一項叫做“深度測序”的工作。比如說,他們將50毫升的人的血清中的RNA提取出來,然后把30個核苷酸以下的RNA片段全部測序。一般來說,這能夠得到數(shù)百萬個片段,然后他們分析哪些是已知的微小RNA,哪些是破碎的RNA片段。

  他們發(fā)現(xiàn),這些RNA片段中有一些是植物的微小RNA,而且是100%來自植物——如果它包含22個核苷酸,那么22個核苷酸就全都和植物一樣。并且,同樣的微小RNA會有數(shù)以千計的拷貝。

  這對研究人員來說顯得非常奇怪,或者也可以說瘋狂:假設(shè)人們進(jìn)食植物之后,有些RNA由于某種原因沒有被消化掉,進(jìn)到了人的血液中去,那也更可能是碎片,而且碎片不可能在所有人的樣本里頭都具有相當(dāng)高的濃度,有那么多的拷貝數(shù)。另外,他們發(fā)現(xiàn)的微小RNA和人的全部的基因組相比對,沒有100%相同的。這就完全排除了微小RNA是內(nèi)源性的人的某個RNA片斷。

  這些微小RNA一定來自于植物,而且唯一的途徑是通過食物。這是張辰宇很快就意識到的一點,但實驗并沒有立即往下做。當(dāng)時正值三聚氰胺事件鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng),滿腦子都是微小RNA的張辰宇想到,似乎可以通過檢測牛奶中的微小RNA的濃度來鑒定牛奶的質(zhì)量。因為幾乎不可能人為地往牛奶中加入微小RNA,因而一旦檢測出微小RNA的濃度偏小,就表明牛奶質(zhì)量有問題。曾科去做了實驗以后發(fā)現(xiàn),牛奶中微小RNA的濃度比血清中的還要高。

  此時,張辰宇另外兩名學(xué)生在小鼠身上做的實驗讓事情的方向明朗起來。他們做了一系列的實驗來探究血清中的微小RNA是否確實來自食物。他們先后喂給小鼠線蟲和果蠅,這是兩種富含微小RNA的動物,但都沒有在小鼠的血液中檢測到相應(yīng)的微小RNA.接下來,他們給小鼠喂了大米。

  他們喂給小鼠的,就是中國華東地區(qū)的人們最常吃的大米。結(jié)果,他們在小鼠的血清中檢測到了來自大米的微小RNA.這讓他們更加確信,植物的微小RNA可以通過日常進(jìn)食進(jìn)入人體。事實上,編號為168a的植物微小RNA既在稻米中富含,也是中國人血清中含量最為豐富的植物微小RNA.

  這表明,我們吃飯不僅僅是攝入的碳水化合物和蛋白質(zhì)等“食物”,也攝入了“信息”,即微小RNA的序列特征。

  由此帶來的后果之一就是,編號為168a的植物微小RNA可以結(jié)合人體內(nèi)某種連接蛋白的mRNA,抑制其在肝臟的表達(dá),進(jìn)而減緩低密度脂蛋白從血漿中的清除,最終引起代謝性疾病。

  在實驗中,研究人員給小鼠喂的是生米,而人類日常進(jìn)食吃的是熟米,食物經(jīng)過加熱之后是否會破壞其微小RNA呢?張辰宇指出,煮過的米飯中仍然含有很多微小RNA,經(jīng)過油炸才能破壞掉大部分的微小RNA.

  他們還發(fā)現(xiàn),中藥在經(jīng)過煎煮之后,藥湯里的微小RNA的濃度很高。給小鼠喂藥之后24小時,就發(fā)現(xiàn)小鼠肺部相應(yīng)的微小RNA濃度增高。他們認(rèn)為,這些發(fā)現(xiàn)為在傳統(tǒng)的中草藥中發(fā)現(xiàn)一類全新的活性分子提供了依據(jù)。

  對于生物學(xué)來說,更大的意義可能在于,這些研究為我們理解跨“界”的相互作用提供了新的線索。“動物、植物之間如何的借著微小RNA互相調(diào)控的?大家說不定共進(jìn)化(co-evolution)了。”張辰宇說。

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