北京藥師協(xié)會是服務于執(zhí)業(yè)藥師的非盈利性團體，從辦會以來就有自己的北京藥師協(xié)會宗旨。全體工作人員也以北京藥師協(xié)會宗旨為工作具體準則。北京藥師協(xié)會宗旨以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和"三個代表"的重要思想為指導，全面落實科學發(fā)展觀，堅持科學技術是第一生產(chǎn)力的思想，發(fā)揚行業(yè)指導，服務自律，協(xié)調(diào)監(jiān)督作用，團結(jié)和組織廣大執(zhí)業(yè)藥師（從業(yè)藥師），實施科教興國和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略，促進藥學科學技術的繁榮與發(fā)展、普及與提高，促進藥學人才的成長，促進藥學科學技術與經(jīng)濟的結(jié)合，保證藥品質(zhì)量和藥學服務質(zhì)量，代表和維護執(zhí)業(yè)藥師的合法權益，為發(fā)展藥學科學，實現(xiàn)最廣大人民群眾的根本利益服務。