RNA聚合酶識別啟動子序列的過程是通過特定的蛋白質(zhì)- DNA相互作用來實(shí)現(xiàn)的。在原核生物中，RNA聚合酶本身具有能夠直接識別啟動子區(qū)域的能力，但在真核生物中，這個過程更為復(fù)雜，需要一系列轉(zhuǎn)錄因子的幫助。

對于原核生物來說，RNA聚合酶的核心酶部分與一個稱為σ因子（sigma factor）的小亞基結(jié)合形成全酶。這個σ因子負(fù)責(zé)識別DNA上的特定序列即啟動子區(qū)。啟動子通常位于基因的上游區(qū)域，大約在-10和-35位置有兩個保守的六堿基序列，分別被稱為Pribnow盒（或TATA盒，在真核生物中）和-35區(qū)。當(dāng)全酶沿DNA滑動時，σ因子可以與這些特定位點(diǎn)結(jié)合，使得RNA聚合酶能夠準(zhǔn)確地?？吭趩幼由希㈤_始轉(zhuǎn)錄過程。

而在真核生物中，啟動子的結(jié)構(gòu)更加復(fù)雜，通常包含多個元件如TATA盒、CAAT盒等。這些元件需要特定的轉(zhuǎn)錄因子來識別并結(jié)合。例如，TATA盒由通用轉(zhuǎn)錄因子TFIID中的TBP亞單位特異性地識別和結(jié)合。隨后其他轉(zhuǎn)錄因子也會陸續(xù)被招募到啟動子區(qū)域形成一個大的復(fù)合物，最終將RNA聚合酶II引導(dǎo)至正確的起始位點(diǎn)，開始基因的轉(zhuǎn)錄。

總之，無論是原核還是真核生物，RNA聚合酶都是通過與啟動子序列上的特定基序相結(jié)合或借助于其他輔助蛋白（如σ因子和各種轉(zhuǎn)錄因子）的作用來實(shí)現(xiàn)對啟動子的選擇性識別。