兒童孤獨癥的病因尚不清楚，可能與以下因素有關：

1.遺傳

遺傳因素對孤獨癥的作用已趨于明確，但具體的遺傳方式還不明了。

2.圍生期因素

圍生期各種并發(fā)癥，如產傷、宮內窒息等較正常對照組多。

3.免疫系統(tǒng)異常

發(fā)現T淋巴細胞數量減少，輔助T細胞和B細胞數量減少、抑制-誘導T細胞缺乏、自然殺傷細胞活性減低等。

4.神經內分泌和神經遞質

與多種神經內分泌和神經遞質功能失調有關。研究發(fā)現孤獨癥患者的單胺系統(tǒng)，如5-羥色胺（5-HT）和兒茶酚胺發(fā)育不成熟，松果體-丘腦下部-垂體-腎上腺軸異常，導致5-HT、內啡肽增加，促腎上腺皮質激素（ACTH）分泌減少。

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