需與各種腸道感染性或非感染性炎癥疾病及腸道腫瘤鑒別。應(yīng)特別注意，急性發(fā)作時與闌尾炎；慢性發(fā)作時與腸結(jié)核及腸道淋巴瘤；病變單純累及結(jié)腸者與潰瘍結(jié)腸炎進(jìn)行鑒別。在我國，與腸結(jié)核的鑒別至關(guān)重要?，F(xiàn)分述如下：

　　1.腸結(jié)核   回盲部腸結(jié)核與克羅恩病鑒別相當(dāng)困難。腸鏡下所見兩病并元特征性區(qū)別，一般來說，縱行潰瘍多見于克羅恩病，而橫向潰瘍多見于結(jié)核。腸結(jié)核可有腸外結(jié)核病的過去史或現(xiàn)在史；瘺管及肛門周圍病變少見；結(jié)核菌素試驗陽性等有助于克羅恩病鑒別。對鑒別有困難者，建議先行診斷陛抗結(jié)核治療。有手術(shù)適應(yīng)證者可行手術(shù)探查，病變腸段與腸系膜淋巴結(jié)病理組織學(xué)檢查發(fā)現(xiàn)干酪壞死性肉芽腫可獲確診。

　　2.小腸惡性淋巴瘤   原發(fā)性小腸惡性淋巴瘤可較長時間內(nèi)局限在小腸，部分患者腫瘤可呈多灶性分布，此時與克羅恩病鑒別有一定困難。如X線檢查見小腸結(jié)腸同時受累、節(jié)段性分布、裂隙狀潰瘍、鵝卵石征、瘺管形成等有利于克羅恩病診斷；如X線檢查見一腸段內(nèi)廣泛侵蝕、呈較大的指壓痕或充盈缺損，B型超聲或CT檢查腸壁明顯增厚、腹腔淋巴結(jié)腫大，多支持小腸惡性淋巴瘤診斷。小腸惡性淋巴瘤一般進(jìn)展較快。活檢免疫組化可確診。必要時手術(shù)探查可獲病理確診。

　　3.潰瘍性結(jié)腸炎   。

　　4.急性闌尾炎   腹瀉少見，常有轉(zhuǎn)移性右下腹痛，壓痛限于麥?zhǔn)宵c，血象白細(xì)胞計數(shù)增高更為顯著，可資鑒別，但有時需剖腹探查才能明確診斷。

　　5.其他   如血吸蟲病、慢性細(xì)菌性痢疾、阿米巴腸炎、其他感染性腸炎（耶爾森桿菌、空腸彎曲菌、艱難梭菌等感染）、出血壞死性腸炎、缺血性腸炎、放射性腸炎、膠原性結(jié)腸炎、白塞病、大腸癌以及各種原因引起的腸梗阻，在鑒別診斷中亦需考慮。