需要與引起消化不良的器質(zhì)性疾病包括食管、胃十二指腸、肝膽胰及上消化道癥狀的其他系統(tǒng)疾病相鑒別，特別是消化性潰瘍及胃癌。另外還要指出的是：以往將有燒心、反酸癥狀而胃鏡檢查未見有反流性食管炎者列為反流型的FD，現(xiàn)已將這部分病人歸為內(nèi)鏡檢查陰性的胃食管反流病；消化不良癥狀可以是腸易激綜合征（IBS）的表現(xiàn)，也可以是FD與IBS并存。
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