胃腸通過時間測定的研究顯示，大多功能性便秘患者或是存在結(jié)腸通過時間減慢（提示結(jié)腸運動功能減弱）、或是存在排出通道阻滯（提示肛直腸、盆底功能障礙）。有些患者兩種功能障礙均存在。對引起這些功能障礙的機制則至今未明，目前尚無證據(jù)表明在功能性便秘患者有肯定的腸神經(jīng)系統(tǒng)神經(jīng)傳遞介質(zhì)或受體、腸神經(jīng)系統(tǒng)一中樞神經(jīng)系統(tǒng)軸的異常。

　　已知膳食纖維與糞便量密切相關(guān)，部分功能性便秘患者可能與飲食中纖維攝入不足有關(guān)。但纖維攝人不足不一定是主要因素，因為不少患者攝人纖維并不少于普通人，且即使增加飲食的纖維仍然便秘。排便習慣對便秘發(fā)生有相當影響。有研究證明有便意時刻意抑制排便，不但可導致大便次數(shù)及量的減少，且可使胃腸通過時間延長。這種不良的排便習慣可能最終導致便秘的發(fā)生。有些患者即使腸通過時間及排出道正常，但仍訴排便不暢，這可能與精神心理因素有關(guān)。