在小腸中，多種酶參與了蛋白質的消化過程。這些酶主要包括：
1. 胰蛋白酶（Trypsin）和糜蛋白酶（Chymotrypsin）：這兩種酶是由胰腺分泌的，它們可以將蛋白質分解成較小的多肽片段。
2. 羧基肽酶（Carboxypeptidase）：同樣由胰腺產生的羧基肽酶能夠從多肽鏈的一端逐步切下氨基酸。
3. 腸激酶（Enterokinase）或稱為腸致活酶：這種酶可以激活胰蛋白酶原，使其轉化為活性形式的胰蛋白酶。胰蛋白酶再進一步將其他蛋白酶前體如糜蛋白酶原激活為具有催化作用的形式。
4. 氨基肽酶和二肽酶（Aminopeptidases and Dipeptidases）：這些酶存在于小腸黏膜細胞表面，能夠分解多肽鏈至更小的片段直到單個氨基酸或小分子的二肽、三肽等。

通過這一系列酶的作用，食物中的蛋白質最終被分解成可被人體吸收的小分子物質。