病毒呈球形，直徑約為27nm.無囊膜。衣殼由60個殼微粒組成，呈20面體立體對稱，有HAV的特異性抗原（HAVAg），每一殼微粒由4種不同的多肽即VP1、VP2、VP3和VP4所組成。

在病毒的核心部位，為單股正鏈RNA.除決定病毒的遺傳特性外，兼具信使RNA的功能，并有傳染性。

HAV的單股RNA，其長度相當于7400個核苷酸。在RNA的3′末端有多聚的腺苷序列，在5′末端以共價形式連接一由病毒基因編碼的細小蛋白質，稱病毒基因組蛋白（Viral protein ，genomic，VPG）。

它在病毒復制過程中，能使病毒核酸附著于宿主細胞的核蛋白體上進行病毒蛋白質的生物合成。

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